这位拥有极高文学才华的作家为自己选择了一种殉道式的自杀，他的性格、独特的审美特点与他的最后死亡似乎都那么相应。

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三岛对日本传统的武士道精神和严厉的爱国主义深为赞赏，对日本战后社会的西化和日本主权受制于外国非常不满。三岛1965年以自己的小说《忧国》为蓝本自编自演的同名电影预示了他的结局。影片中一位忠于天皇的日本上尉在1936年的政变失败后切腹自杀。1968年，三岛组织了自己的私人武装——“盾会”，声称要保存日本传统的武士道精神并且保卫天皇。经过长时间的准备，三岛于1970年11月25日将他政变的计划付诸实施。当天三岛交付了《丰饶之海》的最后一部《天人五衰》，并指示将过去发表的“异类主题短篇小说”集结成书《殉教》，随后带领4名盾会成员在日本陆上自卫队东部总监部，以“献宝刀给司令鉴赏”为名骗至总监办公室内，将师团长绑架为人质。三岛在总监部阳台向800多名自卫队士官发表演说，“日本人发财了，得意忘形，精神却是空洞的，你们知道吗？”，呼吁“放弃物质文明的堕落，找回古人纯朴坚忍的美德与精神，成为真的武士”随他发动兵变，推翻否定日本拥有军队的宪法，使自卫队成为真的军队以保卫天皇和日本的传统，但是没有人响应，甚至大声嘲笑三岛是疯子。

　　三岛随后从阳台退入室内，按照日本传统仪式切腹自杀。三岛由纪夫在额际系上了写着“七生报国”字样的头巾，用白色的布将预备切腹的部位一圈圈紧紧地裹住，拿起短刀往自己的腹部刺下，割出了一个很大的伤口，肠子从伤口流出来。随他同来的两位盾会成员之一的森田必胜用名刀“关孙六”为三岛进行介错，但连砍数次都未能砍下他的头颅，三岛由纪夫难忍痛楚，试图咬舌自尽，还沉吼低呼著：“再砍！再砍！使力！”，第四次介错改由学习过居合道的盾会成员古贺浩靖执行，终于成功。之后森田必胜也切腹自杀（亦是由古贺浩靖进行介错）。其它三名成员依“委托杀人罪”各判处四年的有期徒刑。三岛由纪夫切腹自杀时，不少作家赶到现场，只有川端康成获准进入，但没见到尸体。这个事件让川端很受刺激，他对学生表示：“被砍下脑袋的应该是我”。三岛自杀之后17个月，他也选择含煤气管自杀，未留下只字遗书。两人相继自杀留给了后人无数的疑问。一般推测是川端认为三岛自尽是因为没有得到诺贝尔文学奖，川端也为此疚责自己间接害到三岛轻生故跟随自尽。
　　早在一个月前的十月，三岛在美国纽约举办个人照摄影展，标题“玫瑰刑”，好友纽约大学参展并作评，在三岛自尽后这位美籍好友教授分析三岛动机：他认为三岛心中过于右翼的军国主义意识形成“救国妄念”遗害三岛，他认为摄影展里三岛照片，大量模仿中世纪欧洲基督教徒被迫害刑求模样，就已经透露他想为武士道殉道的企图。