1941年，16岁的三岛获选担任《辅仁会杂志》的主编，开始撰写中篇小说《百花怒放的森林》（花ざかりの森），当时他的国文老师清水在看了他的作品后大表激赏，推荐投稿自己在参与1942年他选择了学习院高等科文科乙类的大学预科继续升学，主修德语，并且持续与《文艺文化》的友人交流的文学同人志《文艺文化》，从这时其，他正是采用了笔名三岛由纪夫。

1942年，17岁的三岛由纪夫选择了学习院高等科文科乙类的大学预科继续升学，主修德语，并且持续与《文艺文化》的友人交流，1944年第二次世界大战进入最后阶段，日本的处境开始急转直下，三岛由纪夫也收到征兵检查通知判定是第二乙种体位，需要随时等待征召。同年他以第一名的成绩从学习院高等科毕业，受到天皇颁奖赠与银手表，与日本驻德大使馈赠的文学书三册。1944年10月，三岛由纪夫的短篇小说《百花怒放的森林》由七丈书院印刷出版，成为他的出道作品，从此以后他从一个业余的文学创作者正式进入了专业作家的领域。隔月他获得推荐进入东京帝国大学法学部法律学科就读，主修德国法律，也由于这身份暂时免除受征召入伍的必要。