随着犹太人再度大量迁居埃及，基督教的传播扩大。公元115年--117年时初期的传入期间，罗马方面在对埃及人压迫的同时，对迁居的犹太人也进行了压迫。于是在埃及爆发了两场犹太人战争，是犹太人反抗罗马压迫的大起义。当然战争不仅发生在埃及境内，而是遍布中东地区。公元118年犹太人起义失败，他们在亚历山大城的聚居点消失，基督教的传播受到了很大的打击。

公元135年，基督教再度在埃及复现。

初期阶段的基督教传播

现在所知的《新约全书》的抄本有可能是来自于公元2世纪上中期的圣约翰福音的残片。埃及早期的基督教接受了诺斯替派的影响。

深受诺斯替教影响的派别,又称灵智派。起源于1世纪。2～3 世纪盛行于地中海东部沿海地区,5世纪衰落。关于诺斯替教的渊源、特点和主要教义，现代学者并无一致见解。一般认为它是一种哲学与宗教的混合体系,流派混杂。它主张本体上的二元论,强调得救（或解脱）的条件在于获得“诺斯”(意为真知)；物质世界并非至高神所创，而是一位典米尔（意为巨匠造物主）所造。并有一套复杂离奇的宇宙生成论（流溢说）学说。基督教产生后，该教一些派别吸收了基督教某些观念，形成基督教诺斯替派。诺斯替派认为救世主基督从上帝流出，为的是到世上来拯救从上面坠落的属灵的人──从神坠落的，必须由神来恢复他们的本来面目；耶稣的使命是要把人类从物质和感性世界中拯救出来，他自身不带有肉身的弱点或污浊。该派还主张善恶二元论，认为善与恶为互相对立的两个根本原则，精神属于善因，肉体属于恶因；人类因有肉体，不能与神直接交往，必须依靠中介。基督救人，在于赐人智慧，使人知道如何从肉体桎梏下解放出来。人类应当与神合作，刻苦禁欲。为此规定某些食物不可触摸尝食，并禁止婚娶。受此影响的一些派别（如伊便尼派、马西昂派等）因之被称为禁戒派。早期教父著作多加以驳斥。

这一时期活跃于亚历山大的犹太神秘主义哲学家斐洛对于基督教影响重大。

亚力山大的斐洛(约公元前20年－公元后40年)是希腊化时期重要的犹太思想家，他的思想是联系希伯莱文化、希腊文化、基督教文化纽结。生活在当时各种文化宗教思潮汇集的大都市－－亚力山大城，斐洛自身受过很好的希伯莱文化和希腊文化的教育。面对多元文化的挑战，作为犹太思想家，斐洛坚信自己的宗教是一种普世宗教；认为各种哲学之间有共同的思想基础，那就是来自上帝的真理；而许多希腊哲学思想在摩西五经中早已有所阐述，因此，借用希腊哲学观念和语言来向大众论述摩西五经是合理的，当时已经有许多人这样做。应该说，作品中对希腊哲学大量的精当使用：比如在《论〈创世记〉》正文第一部分“论摩西有关创世的叙述”(第三十－四十三节)关于创世的第七天的讨论中，对数字七的讨论涉及新毕达哥拉斯主义以及雅典政治家梭伦、希波克拉底、柏拉图等人的思想；在论述上帝用尘土造人时(第四十六节以下)，吸收了柏拉图的理念论中的分有模仿说、亚里士多德的潜能和现实学说、斯多亚的世界主义和自然法思想，批判了伊壁鸠鲁的快乐学说(尽管有曲解)，都表明了斐洛对其它文化的开放、出自内心的尊重、批判地接纳的态度。

这个人用自己的著述规定了基督教在埃及的发展方向，对弥合希腊人和犹太人之间的宿怨起了非常积极的作用。

公元2世纪，留下了7件圣经纸草，圣约翰福音是其中之一。《巴尔纳巴斯通信》在埃及广为流传，在埃及之外的地方没人给它太高的评价，但在埃及被认为是圣经的一部分。

公元135年，犹太人战争之后，基督教在埃及进入第二个发展时期，诺斯替运动在埃及盛行。在此之后的一百多年里是亚历山大教理学校通知基督教的时代。大约在公元180年，在亚历山大出现了教理学校与主教和12长老掌管的教堂。这个学校的第一人校长是从希腊斯多葛学派皈依基督教的潘塔老斯，他的学生克里门特做了第二任校长。

这个克里门特的学生的思想非常有意思，他是正统基督徒，但是不掩饰对美好生活的赞美，崇敬柏拉图，热爱古典文学，试图将基督教和希腊文化结合在一起。他认为，真正的哲学史能够把人引向基督的学问。他说：“只有一条真理之河，而许多溪流都注入它。犹太人的律法也是希腊人的哲学，一位大师要把它导向上帝。”

接替克里门特的是他的学生，奥利根之后再没产生这样大师级的人物，基督教却再次遭受罗马帝国的迫害，但是基督教依旧在埃及扎根下来，与民族宗教结合，进入了科普特时代。当公元303年，戴克里先开始再次大规模迫害基督徒的时候，他们已经带着笑容走向死亡了，情愿为基督殉难。

基督教的传入对埃及的社会各方面影响重大，政治上他们开始反抗罗马统治者，后来抗拒阿拉伯人。这时期形成了埃及的科普特艺术，接受了古希腊罗马艺术的基础。