赫拉克勒斯要完成的最后一项，也是最难的一项功绩就是找到肩扛天宇的提坦神阿特拉斯，从这位提坦神的女儿赫斯珀里得斯姐妹照管的果园中摘取三个金苹果。那果园里面还有一只永远不睡觉的巨龙守卫着。

无人知道去找金苹果的路，赫拉克勒斯找了好久终于在古希腊神话传说中的一条叫厄里达诺斯河边得到了美丽的神女的帮助。神女告诉他，在海神涅柔斯从海底升起的那一刻抱住他，从他那里打听到路。

赫拉克勒斯抱住了涅柔斯，任凭涅柔斯如何变化，他都不放手，最终老海神告诉了英雄这个秘密。

 赫拉克勒斯再次穿越利比亚，他遇到了海神波塞冬和大地女神盖亚的儿子安泰俄斯。安泰俄斯强迫所有路过利比亚的人和他决斗，他想用死者的骨头为他的父亲波塞冬建一座神庙。他有一个秘密，就是在决斗时候，只要触摸一下大地母亲他就可以获得无穷无尽的力量。赫拉克勒斯每次将他摔倒在地，他都会增添新的力量站起来。赫拉克勒斯最终发现了这个秘密，将他高高举起直到力气耗尽被勒死。

现在人们常用安泰俄斯的故事来比喻精神力量不能脱离物质基础，或一个人不能脱离他的祖国和人民。

在古代的雕塑艺术中，安泰俄斯与赫剌克勒斯之战是常见的表现主题。但丁在《神曲》中引用了安泰俄斯的形象，说他是守卫地狱第9层的卫兵。海涅在他的诗中也引用过安泰俄斯的神话。

赫拉克勒斯又来到了埃及，在尼罗河畔的树荫下睡着了。但是被波塞冬与厄帕福斯的女儿吕西阿那萨所生的儿子、埃及国王部西里斯所捆绑起来。他要将赫拉克勒斯献祭给宙斯。原因是埃及连续九年歉收，来自塞浦路斯的预言家佛拉西俄斯语言，如果国王年用一个外乡人祭祀宙斯，灾荒就会停止。于是部西里斯先将这位外乡的预言家活祭给了宙斯。从此以后，他把所有来埃及外乡人都杀了。赫拉克勒斯打死了站在祭坛旁白你的部西里斯的儿子安菲达玛斯，惩罚了残暴的国王，离开了埃及。

最终赫拉克勒斯终于找到了扛着天宇的提坦巨神阿特拉斯，阿特拉斯答应帮他取来三个金苹果，但是需要他帮自己扛一会儿天，赫拉克勒斯在女神雅典娜的帮助下扛起了沉重的天宇。阿特拉斯拿着三个金苹果回来告诉赫拉克勒斯他可以帮助他把金苹果送到迈锡尼。赫拉克勒斯知道他想逃避自己扛着天宇的责任，于是假装答应阿特拉斯让他接过天宇，自己想弄个垫肩，在交换后，赫拉克勒斯拿着金苹果扬长而去。

这样当他把三个金苹果交给欧律透斯以后，他终于完成了命运中的十二件大功绩，重新获得了自己的自由之身。欧律透斯将三个金苹果奖给了赫拉克勒斯，赫拉克勒斯又把苹果献祭给了雅典娜，雅典娜又将金苹果还回了金苹果园。

自由的赫拉克勒斯回到了有七座城门的忒拜城，他将自己的妻子墨伽拉嫁给了自己的朋友伊俄拉俄斯，然后又去了任提斯。但是赫拉女神对他的迫害并没有就此结束。