公元前335年，亚历山大大帝登基之后，亚里士多德又回到了自己求学生活了20年之久的雅典，在那里他仿照自己的老师柏拉图创立柏拉图学园一样，创立了吕克昂学园（Lykeion)。学园因为临近吕克昂神庙（阿波罗神庙）而得名。亚里士多德一直主持学园到公元前323年，此后由其弟子继承，学园持续到公元529年，一共存在了860多年，比现在所有欧洲大学的历史都悠久。

　吕克昂是一所正规的典型的希腊—雅典式的私立学校，其组织形式和学园一样，也是教派团体性质，设有一个放置了祭祀用品的神庙，神庙的柱廊上有缪斯女神的雕像。亚里士多德为吕克昂制定了章程，规定要过一种有规律的生活，饭菜简单，每月举行一次酒会。但这所学校与学园的精神是不同的。柏拉图寻求通过教学来进行教育，而亚里士多德则希望除训练之外，还采用研究的方法来进行教育。为此，吕克昂配备了大的图书馆、博物馆和实验室，以供科学研究之用。亚里士多德同样把为社会培养良好的、融洽的成员作为教育目标，但他所使用的方法却是不同的。在亚里士多德看来，要想进行正确的学科研究，不仅要对基本哲学问题进行理论思考，还要进行直接的实验。这种亲身的实验和经验既包括自然现象方面的，也包括社会结构方面的。正是因为如此，亚里士多德把吕克昂装备成一个真正的研究机构。

亚里士多德在吕克昂建立了一座图书馆和世界上第一座自然历史博物馆。还经常组织一些学术小组进行集体研究，他在学生的帮助下完成了对158个希腊城邦国家政体的分类记载，可惜这些资料只留存下来一小部分。学校保存了大量的教学材料；在柱廊上，悬挂着许多地图，上面标示的地区都是古希腊的地理学家和其他旅行家曾经考察过的；常常还有装载了当时未知的东方的动物的船只来到吕克昂，其中一些是亚里士多德以前的学生亚历山大送给老师的礼物。亚历山大在军事远征中，没有忘记给老师送去这些新的研究资料。在吕克昂，亚里士多德亲自从事研究，他在《动物自然史》一书中，描述了540种动物并将它们分类，从而创建了动物学。他对鸡的生长过程的描述成为胚胎学的肇始。

吕克昂学园开始的课程包括哲学、历史学、公民学、自然科学（生物学）、修辞学、文学和诗学。现存的大部分亚里士多德的著作都来自他的学术讲稿。继亚里士多德之后成为吕克昂主持人的泰奥弗拉斯托斯（Theophrastus，公元前370—前300年）继续从事教学，并开展亚里士多德生前已经开始的博物学和哲学史的合作研究计划。其中“大多数著作现已佚失，但幸存下来的作品中有两篇植物学著作和一篇矿物学论文，可以表明他高水平地实践了亚里士多德的研究计划”；据说他的教学极受欢迎，慕名而来的学生达到两千人之多。其友人欧德摩斯（Eudemus）写了希腊数学史、希腊天文学史，并且进行了宗教史的研究。

亚里士多德讲课时有一个习惯，即边讲课，边漫步于走廊和花园，正是因为如此，学园的哲学被称为“逍遥的哲学”或者“漫步的哲学”。翻看他的各类著作，可以看出这是一位百科全书式的学者。

公元前323年，亚历山大大帝去世，雅典人开始反对马其顿帝国的统治，亚里士多德和这位君王的师生关系被翻出来受到攻击，他被迫加尔西斯避难（chalcis).亚里士多德在解释他的逃亡的理由的时候说：“我不想让雅典人再犯第二次毁灭哲学的错误。”这里隐喻的指着苏格拉底之死。第二年，也就是公元前322年，亚里士多德因病去世，这位伟大的哲学家最后的遗言是希望埋在自己妻子的旁边。