在回答宇宙本体论这一传统问题上，毕达哥拉斯给出的是一个别开生面的答案：它不是任何物质元素，而是结构关系和形式，是数学。

毕达格拉斯定理表明数学可以被应用于物质事物，此外，数学概念也不会随着事物的消失而毁坏，这种永恒不变使毕达格拉斯和他的学派深信数学是开解宇宙之谜的钥匙。

在毕达格拉斯看来数为宇宙提供了一个概念模型，数量和形状在决定着万事万物的形式。数本身兼有量上的多寡和几何学的形状，有数才有点，有点才有面，有面才有立体，有了立体空间才有火、气、水、土四要素。自然万物都要服从一个规律--“数的和谐”。

毕达格拉斯将数理解为万物之源，应该是一个十足的理性主义者，但同时他又将这种理性指向一种神秘主义。

毕达格拉斯万物皆数的哲学思想对后世经典力学、天文学等学科的建立和发展铺开了一条道路。