兴教寺自建成至今千余年间，几度枯荣，历尽沧桑，建寺约百年之后，即"塔无主，寺无僧"。唐穆宗长庆中(821)，昙景和尚主持兴教寺历史上第一次塔寺修葺。唐文宗太和二年(828)，安国寺僧人义林筹修玄奘塔，同时备石准备刻铭，但塔未修毕，义林圆寂。圆寂前，他遗言门人令检，要他一定寻找名人撰铭。大和四年(830)七月迁窥基塔于平原，"徙棺见基齿，四十根不断如玉"，沙门令检检校塔亭(《续高僧传》窥基本传)。唐文宗开成四年(公元839年)，刘轲应请作成塔铭镶嵌于塔最底层北面壁间。

宋元丰四年(1081)，知京兆龙图吕公至终南山太乙湫祈祷，途经兴教寺，登至少陵原畔，南望终南，青山秀峰，下窥樊川，山水秀丽，遂命寺主僧晏静创建玉峰轩。并推万年令陈政举作记，此记即《玉峰轩记》。宋元佑元年(1086)季春戊申日，宋张礼游寺时，尚用"殿宇法制，精密庄严"八字概括描述，可见当时兴教寺的建筑群还相当完整。

   宋政和五年(1115)，同州(今大荔县)龙兴寺仁王院僧广越法师从丰德寺东岭上圆测塔中分出部分舍利及供养物，移葬于兴教寺奘师塔东。圆测塔的风格、形状、规模与窥基塔完全一样。塔铭由宋复撰并书。在修建圆测塔时，"同时并基公塔即旧而新之"。在圆测塔铭中，还记述着测塔建成后"金轮宝铎，层构双耸，矗如幻成，其下各环以广庑，神像崇周，左右以附……及于塔之前，创修献殿六楹落成。"

  元代兴教寺情况无从稽考，今法堂西北角山墙顶头下压一方元碑，经度量，碑长65厘米，宽45厘米，厚13厘米，上面刻字外露部分是"奉政大夫华州知州刘……大元初功□兵马都元帅太师秦"。有可能是一方重修碑。

   明清时期兴教寺已大不如前朝，虽有修葺，但只是小修小补，寺院规模也小了许多。清同治年间，寺内除三塔外，全部建筑毁于兵火，几成废墟。延至民国十年(1921)兴教寺外无围墙，内无殿宇僧舍，只有三塔耸立于少陵原畔。

藏经楼


   民国关中大旱，饿殍遍野，朱子将军受印光法师嘱托在陕西放赈，与兴教寺僧人妙法、妙阔等展开了"以工代赈"的救济活动，救民于倒悬。民国二十一年戴季陶、居觉生来陕视察，大力倡修兴教寺，"盖以佛法救正人心，尤探拨乱反治之本原也"，以使"盛唐人心大定，文物昌明，国运因之兴隆。"得到国民政府党政要员蒋介石、白崇禧、阎锡山等人的大方捐助，募修大殿、僧房十余间。民国二十八年程潜再次倡修兴教寺，"并电明中央冠护国二字于兴教寺，用示拥护国家振兴佛教之之微意"，得到国民中央政府的同意，增建及修葺塔亭、大殿、藏经楼、山门等，并补修了三塔。这次兴教寺的修葺是一次来自国民党中枢的有政治目的的修建。民国二十三年(1934)十一月所立的《重修慈恩塔院记》有详细记载。这次修建的项目有大殿、藏经楼、山亭、院墙二百堵、山门、僧寮三楹，并刻了玄奘、窥基、圆测三师像，还为寺购买水田12亩。这次重修共耗资十二万七千零六圆。

民国二十二年雕刻的圆测法师像和三藏法师像。

  "文革"年代，兴教寺作为全国第一批重点文物保护单位虽未受到大的破坏，但也没有什么发展。近年来进行了大规模修缮。