根据平潭实验区的基础开发条件，本着统筹规划、突出重点、分步实施、逐步推进的精神，科学制定各个发展阶段的目标与重点。
　　一、开发起步阶段（2009年至2012年）。实验区开发的初始阶段。重点加快平潭海峡一桥（含复桥）、渔（溪）平（潭）高速公路、平潭环岛公路、客货滚装码头、岛外（福清）应急调水工程等基础设施和城市污水处理、垃圾处理、度假酒店及旅游景点配套设施建设；加快前期工作步伐，争取早日动工建设平潭海峡二桥、长乐古槐至平潭的长（乐）平（潭）高速、合（肥）福（州）高铁延伸平潭上岛线即福（州）平（潭）高铁等重大基础设施工程。开发起步期内，基础设施显著改善，全方位开放开发的基础设施框架初步形成；两岸合作的特色产业开始起步，生态环境质量及公共服务明显改善。
　　二、全面开发阶段（2013年至2020年）。实验区开发建设的突破期。力争“十二五”末平潭连接长乐的平潭海峡二桥及长（乐）平（潭）高速、福（州）平（潭）高铁等交通通道、岛外调水工程基本建成，主岛海坛岛的供水、供电等配套基础设施更加完善。这一时期，与台湾经济融合进一步深化，探索两岸合作新模式的示范效应充分显现；以高新科技和现代服务业为主导，布局合理、协调发展、具有特色的两岸合作产业体系基本形成；商务文教、港口经贸、旅游休闲等功能区基本形成，公共服务水平显著提高，生态宜居的新兴海岛城市初具雏形。
　　三、发展完善阶段（2021年至2030年）。实验区的基本成熟期。经过近20年的努力，与台湾经济全面对接、文化深度交流、社会生活高度融合，主要经济社会发展指标达到我国沿海发达地区先进水平；商务文教、港口经贸、旅游休闲区功能更加完善，低碳科技区基本成型；交通便捷、配套设施先进、生态良好、生活舒适的两岸人民共同家园基本建成。

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