万历皇帝驾崩，其生前宠爱的选侍西李为达到逼群臣封自己为太后的目的，挟持皇长子朱由校，占据乾清宫。经群臣努力，将朱由校抢出立为太子，即皇帝位，并由朱由校下旨，最终迫使西李迁出，是为明宫三大案之“移宫案”。

朱由校即位之初，革除了万历朝的一些弊政，重新评价了明朝历史上一些重要事件，平反了冤情，在一定程度上缓和了社会矛盾。但他的兴趣并不在处理国政上，从而酿成了太监魏忠贤专权，保姆客氏乱政的悲剧。他们迫害东林党人，对不顺其意的皇帝后妃也不肯放过。在客魏集团的专权之下，国事日非，辽东战事也日益吃紧，主张抗敌的熊廷弼、孙承宗、袁崇焕等人或被杀，或被革职，或引病告退，使得后金势力日益强大，直接威胁到明王朝的安全。朝廷内外只知有魏忠贤，不知有皇帝，但朱由校对此却并不在意，仍纵情玩乐。他的聪明才智全用在了玩乐上，且有一手高超的木工本事。他在玩中落下了病根，两年后因此病故，对魏氏阉党的宠信至死不衰。朱由校一生无子，临终遗命，以其五弟朱由检（即崇祯）即皇帝位。