南京玄奘寺位于南京城区九华山，北临玄武湖，东接太平门，西邻台城。九华山又名覆舟山，山形狭长，顶呈平行，《寰宇记》记载：周围三里，高三十丈，东接青溪，北临真武湖，状如覆舟，因以为名。后因山南山麓建有小九华寺，遂亦名小九华山，简称九华山。

1942年初冬，日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到一石函，记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。日军想占为已有，在南京人民的抗议下，日军将玄奘部分舍利归还给南京人民，1943年底，汪精卫政府在九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘的顶骨舍利，得名三藏塔。

2003年，南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修寺庙，命名为玄奘寺，由栖霞古寺监院传真法师住持管理，南京市佛教协会会会长真慈大和尚为方丈。

2011年8月31日参访。

阿弥陀佛！