理解人类神秘的自由意志，必须要依赖系统科学的思想，否则，是不可能准确理解的。
人类大脑，是一个很典型的分层系统设计，跟这个宇宙是一样的，处于一个完整的系统中。比如说，我们对量子力学的理解，是建立在量子层面。量子，是一个分层。分子与分子之间的交互关系，是量子层面的群体性活动涌现后的结果。当提升到分子生物学阶段，细胞就变成更高的一个层级。细胞之间的交互关系，要遵循分子生物学层级的规律。量子、分子、细胞，这三个层级，每个层级都存在自己的运动法则，并且在每个层级的系统运行整体会涌现出更高层级的运动法则与规律。
当跨入到细胞层级，对于脑科学研究，就进入神经科学领域，这个领域的所有神经元构成的网状结构，要最终形成大脑的神经活动。这些复杂的神经网络活动，再一次涌现出自由意志和各种感觉。由此，进入更高的一个层级，进入心理学，形成心理和行为的交互。再一次涌现，进入社会心理学，形成社会科学。
从低层级看，似乎杂乱无章的活动，从整体会涌现出更高层级的秩序，这是一种标准的系统构建模式。整个宇宙，也是处于这种系统中。一个玻璃球，无论有多少测不准的量子存在，你弹出去也是要遵循共同涌现出的牛顿定律制约的。同样，我们所处的这个宇宙，是相对论控制的，无论宇宙有多么庞大，整个系统涌现出的规律，依然遵循基本的相对论控制。
自由意志，仅仅是人类在大脑这个层级涌现出来的一个系统现象。它的存在，跟我们身体的各个器官功能层级是一样的，仅仅是人体的一个必要的组成部分。这个逻辑上的层级，其基础是建立在人体最底层的所有量子活动上的，一层层涌现出来，又一层层遵循规律和法则，而不是混乱的，是存在秩序的。那些对自由意志纠结的各种神秘主义，其实都源自对宇宙法则的无知。
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