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DNA连接酶能不能催化连接平末端?

(2014-04-14 22:42:24)
标签:

dna连接酶

粘性末端

平末端

磷酸二酯键

教育

分类: 疑难问题的解决

DNA连接酶能不能催化连接平末端?
   

    教学问题:教材上,DNA连接酶能催化具有粘性末端DNA分子的连接形成磷酸二酯键,能不催化平末端呢?

    (嘉兴二模试题)某种线性 DNA 含有限制性核酸内切酶 EcoRⅠ的 1 个酶切位点。该 DNA 样品(甲)经 EcoRⅠ酶切后,在 DNA 连接酶催化下形成产物乙(如图) 。则反应液中产物乙共有

DNA连接酶能不能催化连接平末端?

    A1          B2          C3      D4

分析:此题和得分率只有28.3%,是选择题中最低的,说明学生在这方面还有欠缺。上述试题由于讲清楚是限制性核酸内切酶 EcoRⅠ,所以不会催化平末端的连接。

     DNA连接酶是1967年在三个实验室同时发现的。它是一种封闭DNA链上缺口酶,借助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA链的5'-PO4与另一DNA链的3'-OH生成磷酸二酯键。但这两条链必须是与同一条互补链配对结合的(T4DNA连接酶除外),而且必须是两条紧邻DNA链才能被DNA连接酶催化成磷酸二酯键。

常用的DNA连接酶有两种:来自大肠杆菌的DNA连接酶和来自噬菌体的T4DNA连接酶。二者的作用机理类似。

1.大肠杆菌的DNA连接酶

DNA连接酶在大肠杆菌细胞中约有300个分子,和DNA聚合酶的分子数相近,这也是比较合理的现象。因为DNA连接酶的主要功能就是在DNA聚合酶催化聚合,填满双链DNA上的单链间隙后封闭DNA双链上的缺口。这在DNA复制、修复和重组中起着重要的作用,连接酶有缺陷的突变株不能进行DNA复制、修复和重组。

另外,NH4Cl可以提高在大肠杆菌DNA连接酶的的催化速率,而对T4DNA连接酶则无效。

2.T4DNA连接酶作用机制:

(1)T4DNA连接酶与辅助因子ATP形成酶-AMP复合物。

(2)酶-AMP复合物结合到具有5’-磷酸基和3’-羟基切口的DNA上,使DNA腺苷化。

(3)产生一个新的磷酸二酯键,把缺口封起来。

分子生物学试验中主要采用T4DNA连接酶,因该酶在正常条件下,即能完成连接反应。T4 DNA 连接酶能催化双链DNA上相邻的3ˊ羟基和5ˊ磷酸末断形成磷酸二脂键。

T4DNA连接酶连接要求和结果

外源DNA末端性质

连接要求

连接结果

不对称粘性末端

两种限制酶消化后,需纯化载体以提高连接效率

载体与外源DNA连接处的限制酶切位点常可保留;非重组克隆的背景较低;外源DNA可以定向插入到载体中。

对称性粘性末端

线形载体DNA常需磷酸酶脱磷处理

载体与外源DNA连接处的限制酶切位点常可保留;重组质粒会带有外源DNA的串联拷贝;外源DNA会以两个方向插入到载体中。

平末端

要求高浓度的DNA和连接酶

载体与外源DNA连接处的限制酶切位点消失;重组质粒会带有外源DNA的串联拷贝;非重组克隆的背景较高 。

 T4DNA连接酶可连接DNA-DNA,DNA-RNA,RNA-RNA和双链DNA粘性末端或平末端。

    无论是T4DNA连接酶,还是大肠杆菌DNA连接酶都不能催化两条游离的DNA链相连接。

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