永祚寺始建于明万历中叶，初创时仅有几间简陋房屋和一座补辅太原文运不足的宣文塔。后第十一代晋王朱敏淳觉得寺塔规模太小，就邀请万历皇帝生母慈圣皇太后之师、五台山显通寺主持福登和尚来太原主持寺塔扩建工程。福登看到宣文塔微向西北倾斜，就建议在扩建殿宇同时，另于旧塔之左建一新塔。晋王采纳建议并在慈圣皇太后出资佐助下，用四年时间新建了寺院三座大殿，即现存永祚寺的大雄宝殿、三圣阁、两厢方丈以及两廊配殿，以及位于旧塔西北的新塔，形成了楼阁巍然、两峰插天的大观。然而寺院扩建尚未全部完工，福登和尚就因积劳成疾抱病返回五台山，不久圆寂于显通寺。四百年后，永祚寺管理部门在原明代种植牡丹基础上，引进和培植了三十多个品种，让古太原八景之一的凌霄双塔，在近千株各色花王倩姿芳容的烘托下，更加俊雅飘逸，蔚为壮观，而被古人誉为“文笔双峰”的双塔则因坐落于高山之上，让人们在进入市区之前就可远远看到其身影，因此多年来一直是太原城的标志。