南城清真寺位于今碑林区东仓门街,是碑林地区惟一的清真寺。清康熙二十二年( 1683),于端履门以东,东大街以南至城墙的东南隅修筑汉军驻防城,是为南城。为适应南城驻军中的穆斯林教徒过宗教生活,修建了南城清真寺。乾隆年间，阿贵到西安调研回民问题，将南城清真寺等两座寺院遗漏（当时城南附近有两座清真寺），日后广为流传的西安穆斯林居住区的“七寺十三坊”说法中就没有了南城清真寺。

        南城清真寺，寺内西部为三间礼拜殿，还有过厅、讲经堂、望月楼及水房等，规模较小，正门朝南，开在西五道巷，东仓门临街有一座高大砖雕照壁。建国后,1958年宗教改革,由西安清真大寺的寺管会将该寺院租给新新社会福利制刷厂。1976年,又被碑林区委党校使用。中共十一届三中全会后,落实党的宗教政策,于1985年2月交回。经过重新修建,礼拜大殿殿顶飞檐挑角覆绿色琉璃瓦,古朴高雅，砖雕精致，古色古香，使南城清真寺面貌焕然一新。