教育部同意建立南方科技大学，并要求大学遵守《教育法》和《高等教育法》基本精神。南科大将“教授治学、学术自治”写入总则。此前，南科大在未经教育部批准成立的情况下，自主招收了40多名学生，这些学生放弃了高考。教育部并未明确这群学生身份的合法性问题。
    教育部统一建立南科大，要求南科大遵守基本教育制度，学校由广东省领导和管理，经费由广东统筹安排解决。南科大的全日制在校生规模暂定为8000人。这一消息被媒体调侃为获得了官方“准生证”，也有人说是被政府收编。
    其实，这样规模的大学，要想获得省属高校的“准生证”，其实并不难。南科大至于中国高等教育的社会意义在于，它颠覆了当今大学党委领导下的校长负责制，打破了学生参加高考，然后一二三“本”批次招录的原则。而是：在体制上实行“学校理事会决定各项大事”，采取“教授治学、学术自治”原则；在招生上实施自主招生。
    而在教育部的批复中，则是要求南科大遵守《教育法》和《高等教育法》基本精神，按照现行基本教育制度办学。因此，这张给予南科大的“准生证”和南科大希望获得的“合法性”之间存在着根本的分歧，用俚语言之，这张“准生证”是鸡同鸭讲。
    在此情势下，南科大的改革之路较之以前更为艰巨坎坷。如果没有教育部的批准，南科大的坚守即使是孤独求败，也让人同情；但有了教育部的批准，南科大的改革变得中庸模糊让人看不懂了，坊间出现被政府收编的传闻也就难以避免。更何况，虽然朱清时校长的学术品质让人感佩，其负重向前的改革愿景也让人动容，但就在南科大被教育部批准之前，就已传出南科大副校长行政级别为正局级的官方信息。大学行政化，校长官本位化，向为中国高校的体制性弊端。南科大也免不了官本位化的俗，已经使得南科大去行政化的改革变成了妥协。也许朱清时校长看不上这样的行政级别，但其副手的局级品位，凸显朱校长一人挑战“体制内，系统外”的无奈与乏力。
    南科大另外的悲戚在于，以前自主招生的40多名学生，并未获得教育部“特批”的准入身份。这意味着，陪着朱校长一起改革的学子们依然是不合法的“黑户”，不管他们是否拥有了同等学力甚至高于其他高校学生的学术水平和能力。改革的代价让这一群年轻的学子去背负，让人感伤；但是，就目前的法令制度而言，教育部确乎也不好为这些学生“洗白”身份，也许教育部顾及通过高考进入大学校园的学生们的感受。总之，这是时代的无奈与悲哀，而这也需要法治升华和制度更新，以便消弭新旧时代对接时的罅隙与阵痛。
    中国的高等教育从体制到机制都需要改革，高校去行政化，同时拥有更多的自主招生权，已经成为高校和社会大众的共识。南科大，成为第一个站出来真正的吃螃蟹者。虽然步履艰难，而且还存在着先天不足，但对于这样一颗独立于体制外的弱苗，索性让他在体制围城外自由成长，而不是可以将其移栽到围城内给予其阳光雨露。围城内已经不乏被体制滋养的参天大树，并且形成了丛林法则的流弊。
    很遗憾，教育部的批文最终还是要把南科大纳入体制中来，因为这种许可等于给南科大堵住了改革的后路。