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一、跨省分公司缴纳企业所得税的方法：

根据总局2012年57号公告第二条，居民企业在中国境内跨省、自治区、直辖计划单列市设立不具有法人资格分支机构，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业。

根据第三条规定，汇总纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的征收办法。

根据第六条规定，汇总纳税企业，50%在各分支机构分摊，各分支根据分摊税款就地办理缴纳或退库。50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴纳或退库，25%全额缴入中央国库或退税。

总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该公支机构分摊比例

三个权数为营业收入0.35，工资薪酬0.35，资产总额0.3

计算公式如下：

某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35

（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35

（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30

二、山东省跨市总分机构企业所得税分配方法：

根据鲁财预【2008】19号文件规定，跨市总分机构企业，是指总机构和分支机构均在我省（含青岛市）境内，且跨市（指设区的市）设有不具备法人资格的营业机构的居民企业。

总机构应按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）总机构、分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素，计算总机构、各分支机构应分摊税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

计算公式如下：

　　总机构、分支机构分摊预缴税款=统一计算的企业当期应纳税额×总机构或该分支机构分摊比例

总机构或某一分支机构分摊比例＝0.35×（该机构营业收入/总分机构营业收入之和）＋0.35×（该机构工资总额/总分机构工资总额之和）＋0.30×（该机构资产总额/总分机构资产总额之和）

　　以上公式中，分支机构指需要就地预缴税款的二级分支机构。分摊比例按上述方法确定后，当年不作调整。

总分机构企业所得税在年度终了后5个月内，由总机构负责汇算清缴。
   

总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和境内各分支机构已预缴的税款，确定应补缴（退）税额。

多缴的税款，经总机构所在地主管税务机关批准后，由总机构按规定办理退库。

 应补缴的所得税款，由总机构就地缴入各级国库。

通过以上文件规定，跨省的和省内跨市的计算方法是不一样的。跨省的总机构分摊50%，其他50%在各分支机构分摊。而省内跨市的，总机构直接参与分摊。

三、跨市经营建筑企业所得税的征收管理办法：

根据鲁地税函[2010]90号规定，实行总分机构体制的跨市(指设区的市)经营建筑企业应严格执行《关于印发＜山东省跨市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法＞的通知》(鲁财预[2008]19号)规定，按照“统一计算，两级预缴，汇总清算，分级管理”的办法计算缴纳企业所得税。

建筑企业总机构直接管理的跨市设立的项目经理部，应按项目实际经营收入的0.2%由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目经理部向所在地主管税务机关申报预缴。

建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：

　　(一)总机构只设跨市项目经理部的，扣除已由项目经理部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；

　　(二)总机构只设二级分支机构的，按照鲁财预[2008]19号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；

　　(三)总机构既有直接管理的跨市项目经理部，又有跨市二级分支机构的，先扣除已由项目经理部预缴的企业所得税后，再按照鲁财预[2008]19号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。

建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目经理部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应缴纳的企业所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度应缴纳的企业所得税。