圆通宝殿布局巧妙、结构严谨，具有多元化建筑风格的建筑，在汉传佛寺中实属罕见。宝殿正门是一大二小半圆形拱券门框，门廊呈三角形分两层朝后递收向上，烘托了顶部中心高耸的山花，这是古罗马建筑风格的表现手法。

宝殿外墙门窗设计也精致，装也饰华丽。内外墙面装饰的花卉、狮头、象头和大鹏金翅鸟等细部，再现了印度的帕那瓦建筑风韵，显示出小乘佛教的建筑风格。

宝殿的平面四周为正方形单层外廊式殿堂，内外墙之间的回形步廊和许多方柱，明显借鉴了古希腊神庙的柱廊特征，不少细节处也欣赏到希腊神庙的风韵。

框架柱间采用一大二小呈尖拱的门洞，门洞之上与在立面顶部都有一大二小的圆形漏窗，大窗采用教堂常见的玫瑰花纹，没有七彩玻璃，而小窗则是山花纹饰，使得整个建筑呈现出哥特式教堂的风格。

圆通宝殿也受到伊斯兰建筑风格的影响，比如多叶拱门框、透空的佛塔等等。这种融汇大乘、小乘和藏密三大佛教流派于一身，融汇多元化建筑风格的汉传佛庙，是中国唯一的一座“奇葩”寺院。