古德寺的核心建筑是圆通宝殿，它和传统寺庙黄瓦红柱、飞檐翘角的大殿迥然不同，混合了基督教、天主教、东正教、伊斯兰教等欧亚宗教建筑的特色。2012年第二次探访了这座宝殿，游客没有香客多。

2022年第三次探访了圆通宝殿，殿前的“四面佛”已经移到天王殿前了。由于作为近现代重要史迹的代表性建筑，寺院已被列入国保单位，游客已比香客多了。

圆通宝殿建筑风格独具一格，是依照缅甸阿难陀寺的艺术形式建造的，用了13年时间，其艺术风格在中国内地汉传佛寺庙建筑中独一无二。宝殿采用单层正方形框架，占地1120平米，上塔下殿，内高16米，加上殿顶的佛塔总高25米。

与一般寺庙不同，圆通宝殿的顶部有大小佛塔九座，从平视的任意角度看，只看得到七座，这也与中国道教的北斗九星、七显二隐的说法暗合。中间五座佛塔代表五方佛，四个角上的代表四大菩萨；佛塔的塔刹，既像风向标又像十字架，在中国塔文化中独树一帜。

宝殿顶沿一周有96 个莲花方墩，应该是源自中国的传统望柱，寓“国之四维、天圆地方”;每四个莲花方墩前立菩萨雕像，采用了佛教汉化后创造的二十四诸天菩萨。