调控基因编码能与操纵基因结合的调控蛋白，根据调控蛋白对基因表达的作用，调控基因所编码的调控蛋白可分为两种：一是与操纵子结合后能减弱或阻止结构基因转录的调控蛋白称为阻遏蛋白，其介导的调控方式称为负调控；二是与操纵基因或位于启动子上游的控制因子（UCE）结合后能增强或启动结构基因转录的调控蛋白称为激活蛋白，其所介导的调控方式称为正调控。

     无论是在正控制系统中，还是在负控制系统中，操纵子的开启与关闭均受到环境因子的诱导，这种因子能与调控蛋白结合，改变调控蛋白的空间构象，从而改变其对基因转录的影响，这种因子称为效应物。一是凡能诱导操纵子开启的效应物称为诱导物，对应于诱导模型；二是凡能导致操纵子关闭，阻遏转录过程发生的效应物称为辅助诱导物，对应于阻遏模型。