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梦阳
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上一期我们介绍了用MEGA软件构建进化树(如何用MEGA作进化树(一)) ,以及用它对树进行简单的调整及美化,但是图的整体还是比较单调,并且只有进化关系。如果你还想对树做精细调整及添加各种注释信息,那不妨试试iTOL(http://itol.embl.de/):

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mega

进化树

听说MEGA可以作进化树,听说你还不会,这么巧,我正好会。

曾几何时,我们看着别人家的进化树这么好看,心里不由得也想自己制作一下,

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   今天由于检验Assemble的需要。。突然间要对几个序列进行多序列比对,一下子有些忘了该怎么做,就模模糊糊的知道Clustalw以前用过,细节什么的都没印象了。。Google了一下,仔细重新温习了下以前的内容,什么都明白了。。。
   顺便整理下做个小总结,一方面给自己留个存根,免得下次遇到再到处搜,另一方面也希望对你有所帮助~
1.先提供下载地址:
&nbs
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转载请注明:解螺旋·临床医生科研成长平台

在科研界的江湖中,流传着两大神器——Graphad和 ImageJ,堪称数据图像分析处理的“倚天剑”和“屠龙刀”。确实,它俩一经问世,就翻着花样包装处理着实验结果(原数据及图片),使其从屌丝瞬间逆袭为高富帅,这才能荣登高大上的期

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在生物化学中,涉及到蛋白质与配体(包括蛋白质结合小分子,酶催化底物和抑制剂结合等等)的相互作用时,有不少衡量相互作用的生化指标,其中包括
Ki值(抑制常数),Kd值(解离常数),Km值(米氏常数),可能很多生化专业的人都对这些傻傻分不清吧,下面我来解释一下这些生化指标的区别。

1) Kd值:dissociation constant
针对的是蛋白质与小分子(如LAC等),指的是解离常数,单位是M.该常数反映了与蛋白质

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又1篇!曹雪涛院士Cancer Cell发文:肿瘤转移背后的“秘密”

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(2016-10-18 09:37)
我是做基础研究的。感触比较深的一点,发表好一点的文章,多数有创新性的观点,是通过大量实验偶然得到的。比如说,刚开始设计这个实验的时候,目的是证明A,但实验过程中,可能的确证明了A,但这个实验的副产物B,却可能是一个更大的发现,这样就开创另外一个可能更有潜力的方向。因此,在财力允许的范围内,多做一些类似MICROARRAY的摸索,可能会得到意想不到的结果。原因很简单,这就是生物体的复杂性。在目前技术条件下,很多生物医学现象和机理是不可预知的。
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1.第一次投稿Cover letter:主要任务是介绍文章主要创新以及声明没有一稿多投
Dear Editors:
We would like to submit the enclosed manuscript entitled “Paper Title”, which we wish to be considered for publication in “Journal Name”. No conflict of interest exits in the submission of this manuscrip
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我没做过ECD,但是看意思应该是它要读取的是一个有效的浮点数值,但是log文件里对应的地方却是字符,所以出错了,也就是说需要对log文件进行一下编辑才能打开吧?
另外我觉得如果你要关注第十个激发态,你的nstates至少要设到13以上。


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完成电子圆二色谱(ECD)的计算后,需要将不同构型的玻尔兹曼平均ECD图谱与实验ECD图谱进行对比,选取最接近实验图谱的,从而确定化合物的立体构型。在此之后,通常需要对ECD的科顿效应(Cotton Effect)进行分子轨道层面的解释。

玻尔兹曼平均ECD图谱是多个构象的ECD图谱的综合结果,但在解释科顿效应时,只能以单个构象来解释。因此,我们选取对平均ECD图谱贡献最大的即能量最

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