“南粮北运”在我国延续了很长时期。从唐代到清代，政治中心基本在北方的黄河流域和海河流域，有余粮的地区主要是长江中下游地区和两广地区，每年要依靠漕运从南方向北方运送大量粮食。1949年定都北京，东北地区和京津地区成为重要的工业基地，当地的粮食仍然不能保证需要，“南粮北运”依然继续。这里的“南”主要是长江中下游、东南沿海、两广等地区，“北”则包括华北和东北地区。

从20世纪80年代起，南方工业化、城镇化的速度很快，导致耕地减少的速度也很快，粮食保障已经靠不住。曾经肥沃的鱼米之乡——长江三角洲和珠江三角洲从传统的粮食主产区，变成了现代的工业基地。至2008年，北方粮食生产已全面超越南方，面积和产量分别占全国的54.79%和53.44%，南方粮食面积与产量占全国的份额则减至45.21%和45.66%。

1990年—2010年，中国粮食的供求新格局已大体形成：供给有余的主要是东北地区和冀鲁豫地区，供给不足的主要有东南地区（福建、广东、海南、江苏、上海、浙江）、京津地区、西南地区（广西、贵州、四川、云南、重庆）和青藏地区。因此东北地区、冀鲁豫地区在全国粮食安全保障中发挥越来越重要的作用，东南地区、京津地区则相反，供求失衡日益严重，自给能力不断下降。这种分化最终导致了“南粮北运”向“北粮南运”的转变，并且在进一步增强。这里的“北”和“南”有两种含义：对于京津地区，“北”指东北地区；对于东南地区和西南地区，“北”指东北地区和冀鲁豫地区。对于东北地区，“南”指京津地区、东南地区和西南地区；对于冀鲁豫地区，“南”指东南地区和西南地区。