光绪从西安回到北京以后完全不能参与政务，身边的太监也都换成慈禧的亲信。光绪常常在屋子里无聊地坐着。戊申年（1908年）秋天，忽然传出光绪身体不好的消息，征召京城外面的名医医治。光绪在被号脉时，双手放在案子上不出一声，而是用纸写出病状放在案子上。医生询问时，光绪常常大怒。如果医生说他虚损，尤其恼怒。凡是给光绪看过病的医生都说皇上没病。

    七月二十一，有大星从西北而来，掠过房顶，尾长几十丈，响声如雷，直落东南方。市面上都传说是紫微星陨落，是不祥之兆。

    十月初十，光绪率百官给慈禧贺寿。侍卫官看见光绪正准备给慈禧叩头，忽然传出慈禧懿旨，说皇上卧病在床，免行礼。光绪闻听大哭。原来这时慈禧已经生病多日，有人向她进谗言，说皇上听说慈禧病了，面带喜色。慈禧大怒，说我不能比他死得早。

    十月十八，慈禧庆亲王奕劻奉命前往东陵检查慈禧的陵寝。

    十月十九，紫禁城增加警卫，太监们都把头剃了，传说光绪已经驾崩。

    十月二十日午后，慈禧传谕醇亲王载沣监国。

    十月二十一，隆裕去看光绪，看到光绪不知何时已经断气了，哭着去报告慈禧。慈禧只是长叹。隆裕正在护送光绪遗体从瀛台迁回紫禁城时，太监跑来报告慈禧病危。隆裕把光绪遗体丢在乾清宫，赶紧跑去看慈禧。还是李莲英看着不是事儿，才让小太监们把光绪入殓。

    按照规制，皇帝即位后几年内就应该安排建设陵寝的事情。但是光绪在位三十四年，没有人敢提出这件事。光绪驾崩后慈禧才派贝子溥伦去西陵选择地方，开始为光绪建陵寝。

    十月二十二，慈禧薨逝。

    第二年三月十二，光绪的灵柩运到易县梁各庄暂安。

    1913年，已经是民国时期，光绪才和隆裕同时下葬。