据曲阜市文物旅游局报告，2007年对孔庙古树名木进行了第二次普查，孔庙共有古树名木1050株，其中圆柏517株，侧柏486株。两次普查对比结果表明，近二十年来孔庙共损失古柏200株，其中圆柏80株，侧柏120株；由于暴风暴雨等自然灾害损失的古柏有122株，另外78株是由于古柏自然衰老、病虫危害等多方面原因综合作用造成的枯立木。
    由于孔庙古树的生活年龄多在200年以上，所以有不少古树已出现树干脱皮、扭曲、开裂、树干中心朽烂及部分枝干枯死的现象，有的甚至全株死亡。随着我国北方降雨稀少，地下水位下降，加之山东省内陆地区每年五六月份常出现的干热风天气，致使树木供水不足。不少古树名木周围（树冠垂直投影及附近）被游人践踏得寸草不生，致使土壤板结，密实度高，出现供水不足，透气性降低，容易造成严重的营养不良，而造成树势衰弱。多年来城市建设的飞速发展，致使孔庙周围地面越来越高，导致孔庙原有排水系统排水不畅，雨后积水，古树被浸泡。古树易招引次期性害虫集中危害，如：双条杉天牛、蚜虫、柏毒蛾、红蜘蛛、柏肤小蠹、国槐尺蠖等病虫的危害，加剧了古树名木的衰弱与死亡。

   










    下图为“先师手植桧”，相传是先师孔子手植，由于战火和自然原因多次枯死，又多次萌生，现存古树是清雍正二年（1724年）复生长成，距今已近300年树龄。