生物指示剂是通过使用一些最具抗药性的微生物菌株（例如芽孢杆菌或地芽孢杆菌）来评估任何医学或制药环境无菌性的最主要方法，而不是仅仅依靠满足物理和化学灭菌的要求 。由于用作生物指示剂的微生物比药物或医学环境中常见的生物污染物浓度更高且具有更强的抵抗力，因此可以确定具有非活性生物指示剂的测试环境具有无菌性。
但是，生物学指标很可能会被酶指标所取代。 与生物指示剂不同，酶指示剂使用热稳定的腺苷酸激酶，这是一种从嗜热的嗜酸性球藻细菌中分离出来的酶，这种细菌通常在通风口和温泉中发现。