高新区管委会行政级别很高，即使是县级人民政府成立的高新区管委会最差也是副县级。国家法律规定，自治州、县、自治县、市、市辖区的设立由国务院批准，如果严格执行，我国不会出现县、市、省、国务院均层层设置高新产业开发区的现状。之所以出现，是因为1993年制定的《中华人民共和国科学进步法》虽然明文规定只有国务院可以批准设置高新技术产业开发区，但同时也开了口子，规定在高新技术产业开发区外从事高技术产品开发与生产，一样可以实行国家规定的优惠政策，这是变相允许各级人民政府可以批准成立高新技术产业开发区。1996年11月，科学技术部前身的国家科学技术委员会文件《国家高新技术产业开发区管理暂行办法》出现了省、自治区、直辖市、计划单列市人民政府批准成立高新技术产业开发区的表述方式，把省级人民政府批准高新技术产业开发区行为合法化。

现在，最高人民法院接受现状，其司法解释规定国务院和省级人民政府批准成立的高新区管委会可作为行政诉讼被告，具有行政主体资格，而市、县人民政府批准设置的高新区管委会则作为派出机关由批准机关作被告。

在管委会内部，如果是由批准机关批准成立的部门，一般数量少，名称也与各级人民政府部门机关不一样，一般采取经济发展局、科技创新局、财政金融局这样的表述，也可作为行政诉讼被告。如果没有得到批准，这些部门机关的行为则要由管委会承担法律责任，由管委会作被告。

另外，市、县人民政府向管委会完成移交的权力，比如国土资源管理，如果管委会没成立国土管理部门，则要由管委会出面签订国有建设用地使用权出让合同，并承担法律责任。