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1986年开始，为了应对日益严峻的北海道及周边南千岛群岛等地的安全局势，日本开始着手研制小型快速导弹艇，来应对他国小型舰艇的挑衅。不过初期的计划却一波三折，最早装备的一号导弹艇暴露出很多问题，比如续航太短，速度过慢等。在碰壁后日本计划推出新一代的导弹艇，那就是隼级导弹艇。

而正当日本忙着设计隼级导弹艇之时，1999年邻国间谍船悄悄地来到了其领海，因此为了让导弹艇在未来小型海面冲突时，能应对这类突发事件，日本特地在在隼级导弹艇上加装了复合装甲和激光红外夜视仪。这些改进措施，让隼级导弹艇的战力得到了提升，在面对“老大哥”的渔船和邻国间谍船时，日本海上自卫队便不必担心对手进入领海。

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只不过加装了装甲后，导弹艇的重量有所增加，再加上日本海以及北海道周边海域海况恶劣，该艇的船体设计陷入了困境。

也因此，日本放弃了常见的水翼船体设计，也没用采用稳定性更好的双体船，而是采用了综合水翼船体和双体船优势的新型设计方式，考虑到这种设计方式会让船的动力输出效率有所降低，再加上日海自希望导弹艇速度能达到40节以上，因此隼级导弹艇“一反常态”地采用三具燃气涡轮发动机的配置。

除此此外，为了能在对抗中捕获敌方小型舰艇，日本还对导弹艇进行了隐身化设计。据悉，隼级导弹艇没有采用常规的半开放布局，而是对船体进行了封闭处理。并且船上的通信天线外侧都装有轻质合金，这使得它通信时发送的讯息。更难以被敌方捕获。万一将来海上自卫队。遇到类似间谍船事件时，就可趁着敌方监听到己方讯息之前，对之进行驱逐。

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武器配置方面，该船配备了梅莱拉76毫米舰炮以及双联装90式反舰导弹，这些装备使得它不仅可在火力上“碾压”小型舰艇，即使是面对普通的导弹艇也丝毫不落下风。

最终，研发人员排除万难成功让隼级导弹艇于2002年下水入列，其余几艘则在2004年服役，它们的入列为防卫日本海及北海道发挥着自己的作用。