ZDOCK蛋白质对接软件mark_sur命令使用前后PDB文件对比
作者：shims
ZDOCK和M-ZDOCK都是基于快速傅立叶变换的蛋白质相互作用对接程序，该程序由马萨诸塞大学医学院的Zhiping
Weng的实验室（ZLAB）提供并维护。ZDOCK程序主要用来搜索两种蛋白质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式，并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。
这里需要注意标准的pdb文件在被zdock使用之前需要使用mark_sur命令处理，以增加原子半径，原子电荷，原子类型等信息到pdb文件中。如果已经明确知道某些原子或氨基酸残基不会出现在对接位点处，可以通过改变原子类型为19来设置这里原子或氨基酸残基不出现在对接位点。mark_sur命令用法如下：
mark_sur receptor.pdb
receptor_m.pdb
mark_sur命令只有两个参数，一个是处理前的标准PDB文件，一个是处理后的ZDOCK使用的PDB文件。需要注意的是使用mark_sur命令的前提是在当前目录下存在uniCHARMM文件，该文件提供了mark_sur转化需要的所有参数。不过uniCHARMM文件只提供了重原子的参数并没有提供氢原子的参数。
receptor.pdb文件内容如下：
ATOM
1 N
MET
1
-22.175 14.985
21.464 1.00
0.00
N
ATOM
2 H1
MET
1
-22.709 14.860
22.312 1.00
0.00
H
ATOM
3 H2
MET
1
-22.027 14.028
21.175 1.00
0.00
H
ATOM
4 H3
MET
1
-22.815 15.373
20.786 1.00
0.00
H
ATOM
5 CA
MET
1
-20.868 15.618
21.492 1.00
0.00
C
ATOM
6 HA
MET
1
-20.261 14.980
22.134 1.00
0.00
H
ATOM
7 CB
MET
1
-20.194 15.725
20.147 1.00
0.00
C
ATOM
8 HB2
MET
1
-20.389 14.914
19.446 1.00
0.00
H
ATOM
9 HB3
MET
1
-20.639 16.532
19.566 1.00
0.00
H
ATOM
10 CG
MET
1
-18.726 15.945
20.303 1.00
0.00
C
ATOM
11 HG2
MET
1
-18.636 17.015
20.489 1.00
0.00
H
ATOM
12 HG3
MET
1
-18.292 15.328
21.089 1.00
0.00
H
ATOM
13 SD
MET
1
-17.748 15.781
18.825 1.00
0.00
S
ATOM
14 CE
MET
1
-18.003 14.051
18.229 1.00
0.00
C
ATOM
15 HE1
MET
1
-18.646 14.121
17.352 1.00
0.00
H
ATOM
16 HE2
MET
1
-17.121 13.490
17.922 1.00
0.00
H
ATOM
17 HE3
MET
1
-18.369 13.392
19.016 1.00
0.00
H
ATOM
18 C
MET
1
-20.913 16.897
22.289 1.00
0.00
C
ATOM
19 O
MET
1
-21.802 17.696
22.206 1.00
0.00
O
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567
10
20
30
40
50
60
70
通过mark_sur命令处理后的receptor_m.pdb文件对应的内容如下：
ATOM
1 N
MET
1
-22.175 14.985
21.464
3
1
1.63
-0.15
ATOM
2 H1
MET
1
-22.709 14.860
22.312
0
1
1.90
0.00
ATOM
3 H2
MET
1
-22.027 14.028
21.175
0
1 1.90
0.00
ATOM
4 H3
MET
1
-22.815 15.373
20.786
0
1
1.90
0.00
ATOM
5 CA
MET
1
-20.868 15.618
21.492
3
1
2.03
0.10
ATOM
6 HA
MET
1
-20.261 14.980
22.134
0
0
1.90
0.00
ATOM
7 CB
MET
1
-20.194 15.725
20.147
7
1
1.99
0.00
ATOM
8 HB2
MET
1
-20.389 14.914
19.446
0
0
1.90
0.00
ATOM
9 HB3
MET
1
-20.639 16.532
19.566
0
0
1.90
0.00
ATOM
10 CG
MET
1
-18.726 15.945
20.303
7
1
1.99
0.06
ATOM
11 HG2
MET
1
-18.636 17.015
20.489
0
0
1.90
0.00
ATOM
12 HG3
MET
1
-18.292 15.328
21.089
0
0
1.90
0.00
ATOM
13 SD
MET
1
-17.748 15.781
18.825
7
1
1.76
-0.12
ATOM
14 CE
MET
1
-18.003 14.051
18.229
7
1
1.94
0.06
ATOM
15 HE1
MET
1
-18.646 14.121
17.352
0
0
1.90
0.00
ATOM
16 HE2
MET
1
-17.121 13.490
17.922
0
0
1.90
0.00
ATOM
17 HE3
MET
1
-18.369 13.392
19.016
0
0
1.90
0.00
ATOM
18 C
MET
1
-20.913 16.897
22.289
3
1
1.67
0.60
ATOM
19 O
MET
1
-21.802 17.696 22.206
12
0
1.38
-0.55
通过对比可以看到前53列都没有任何改变。
55-56列是原子类型标识，通过这里的标识ZDOCK可以识别出对应的原子类型。0表示氢原子；3表示C、CA原子；7表示CB、CG、SD、CE、C原子；12表示了O原子。关于具体在每个氨基酸残疾中的原子定于是通过文件uniCHARMM读取的，该文件针对CHARMM力场对各个氨基酸中的重原子（非氢原子）相关的信息做了定义。如果知道那些氨基酸残基不会存在于对接位点可以将其原子类型更改为19以避免其出现在对接位点。
63-66列是原子半径，除了氢原子的原子半径全部为1.90之外，其余的全部根据uniCHARMM文件读取。
73-79列是原子电荷，其中氢原子的原子电荷全部为零，而其它原子电荷会根据uniCHARMM读取。
mark_sur转化是根据uniCHARMM文件中数据进行的，该文件中只有氨基酸残基的重原子信息，而没有氢原子信息。在使用命令mark_sur转化的过程中可能会有“unknown
type. rad set to 1.9. chg 0”的提示。
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