通过MGLTools-1.5.6软件将pdbqt文件转换成pdb文件

作者：shims

在分析AutoDock分子对接结果的时候保存的受体与配体的分子结构文件是AutoDock使用的扩展pdb后的pdbqt格式的文件，那么如何将pdbqt格式的文件转换成大部分分子结构查看软件，如PYMOL，VMD等能识别的pdb格式文件呢？

这里使用的是制作AutoDock分子对接处理的图形化软件MGLTools来实现，这里使用的版本是1.5.6。通过File-Read Molecule打开需要转换的pdbqt文件，需要注意这里会到默认的目录下去打开文件窗口，后面保存pdb文件也是默认保存在默认目录下。

在成功加载需要转换的pdbqt文件之后等待加载完成，如果体系比较大的话可能会有延迟，一定要等成功加载之后再执行下一步。通过File-Save-Write PDB将当前加载的分子结构文件另存为pdb文件格式。

在打开的另存为pdb格式文件的设置窗口中根据需要设置，如保存的文件名和文件路径，PDB相关的记录，推荐在默认的ATOM和HETATA基础上选上TER，将受体分子和配体分子通过TER隔开。设置好之后点击OK将文件保存为pdb格式。如果文件名自动设置的话会将原始文件中的特殊符号全部更换成下划线，后缀名更改为pdb。

通过以上方式就将AutoDock特有的pdbqt格式文件转换成了通用的pdb格式的文件。