分子对接图形化软件MGLTools-1.5.6在Windows7上分析AutoDock分子对接结果

作者：shims

在对接完成之后需要分析分子对接结果，也是做分子对接最重要的部分。跑分子对接是简单的可是如何分析得到得数据是考验个人经验的。限于知识水平的限制这里只介绍简单的查看分子对接结果中的构象并查看相关的性质。

通过Analyze-Dockings-Open来打开分子对接的输出文件，该文件一般是dlg后缀，如这里的文件为complex.dlg。

加载分子对接结果文件之后会提示加载的构象数目，这里AutoDock对接了2000个构想。

如果想查看配体分子在受体分子中的位置，需要单独加载受体分子结构，通过Analyze-Macromolecule-Open打开文件窗口，选择分子对接使用的受体分子结构的pdbqt文件加载到MGLTools软件中，并及时的在显示窗口显示出来。如果不需要查看在受体分子上的位置可以跳过这一步。

加载了分子对接结果之后通过Analyze-Conformations-Play, rankd by energy来打开构象播放窗口，在该窗口中会将所有的构象按照能量由低到高的顺序排列，即能量最低的序号为1。如果不需要按照能量排序而是使用默认的对接结果文件中的顺序可以选择Play来打开播放窗口。

在打开的播放窗口中间显示的是当前的构象序号，如这里显示的是1，即能量最低的构象。左右两边实心的单箭头是向左右移动一个。两个实心的箭头是向前或向后播放。两个实心箭头加上竖线是直接跳转到第一个或最后一个构象。图中用红色框标识出来的按钮是用来打开播放设置窗口Set Play Options。在播放设置窗口中可是设置随着显示构象的变化显示当前构象的信息，选择Show Info，就会弹出构象信息窗口Conformaion * Info，其中*是当前构象序号。

在构象信息窗口显示的有当前配体分子与受体分子之间的结合自由能，抑制常数，关于抑制常数需要注意后面给出的单位，该单位会随着抑制常数数字的大小适当调整。结合自由能和抑制常数是我们常用的两个判定条件。

如果想保存当前构象可以在播放设置窗口点击“Write complex”将包括受体分子和配体分子同时保存到文件，保存到文件的时候默认只能保存到pdbqt格式的文件。通过以上方式就可以简单查看分子对接结果了。