自明嘉靖始，明朝与蒙古边境之间常有变乱，致使许多汉人逃往蒙古草原，大面积的牧场被开垦为农田，改变了牧场的生态环境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空间被压缩，人与鼠接触的机会大大增加。常年干旱食物减少，老鼠们身体虚弱，免疫力下降，很快整个地区，都布满了鼠疫菌，干旱缺水也导致了鼠疫菌以更快的速度繁殖，在种种条件的影响下，鼠疫最后便在北京城爆发了。

《明史》记载：“崇祯14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶。广平府大饥疫，人相食。京师大疫，天津大疫。河南全省大疫，开封府阳武县死者十九，灭绝者无数。荣阳，民死不隔户，三月路无人行。”市间流传一句“东死鼠、西死鼠，人见死鼠如见虎”。随着大量人口死亡造成人口密度大幅度下降，北京的鼠疫病情逐步得到扭转。但此时，闯王李自成的50万农民军已经兵临城下了。

明末杨东明《饥民图说》中描绘了灾民“饿殍满路”、“全家缢死”的惨象。一系列的天灾，政府疲于应付，导致当时国家内部粮价上涨，最终形成了农民军起义，一路摧枯拉朽攻入北京。因此“国运”一事，看不见，摸不着，按科学的说法便是，历史规律。一个健康的时代，理应是能够经受住自然灾害的，但假如，国内本身权利阶层日益固化和扩大，资源矛盾突出，那“天灾”只是压死骆驼的最后一根稻草。