李自成兵败率军到达九宫山一带，此后便失去了踪迹，而关于李自成最终的结局，后人也提出了许多不同的看法：

一说李自成在九宫山被地主团练所杀。此说的依据是清朝靖远大将军阿济格给朝廷的奏报称：“李自成兵尽力尽，仅带亲信20人，窜入九宫山中，被村民围困，无法脱逃，自缢而死。他派人前去验尸，而尸体已经腐烂，无法辨认。还有，南明王朝驻湘将领兵部尚书何腾蛟给唐王的报告也称，自己的部众将李自成斩于九宫山下，只是丢了首级。但是，这两个说法都存在许多可疑之处，因为阿济格的奏报中说李自成的尸体“尸朽莫辨”，何腾蛟的报告中则称尸体无头。也就是说两位将领都没有亲自看到死得这个人就是李自成。

再说说李自成，他是一位“万金之赏莫能购，十道之师莫能征"的军事奇才，不仅自己骁勇异常，而且还很有谋略。李自成退居湖湘时，手下尚有40余万兵马，另在九宫山一带还有至少数万人的军队，假如李自成真的被杀，他的几十万大军岂能善罢甘休?九宫山必是战火一片。然而，事实上当时九宫山却很平静，那几十万大军也很平静。所以，李自成遇难九宫山之说，要么是两位将领为了邀功请赏而编造出来的，要么就是李自成与其部下故意施放的烟幕弹，一方面，可以打消南明王朝对这支大军的敌意；另一方面，也可以缓解清军对他的追击。

另一种说法是，李自成没有死，而是在夹山寺出家做了和尚，法号奉天玉。这一说法最早见于《澧州志林》的记载：有一位七十多岁的老和尚记得夹山寺，有一位法号奉天玉的和尚是顺治初年入寺的，声音像是西北的人，寺中有一幅李自成的画像。1981年，在石门夹山寺发现了奉天玉大和尚墓，在一个瓷坛中盛的遗骨，与李自成身材相近。墓中陪葬物与李自成家乡陕西米脂县的习俗相同。此后，考古人员又在夹山寺发现“敕印”的石龟和“奉天玉诏” 铜牌，“敕”字和“诏”都是皇帝的专用名词，故由此猜测这个奉天玉和尚，极有可能就是曾做过皇帝的李自成。