> n <- 10

 > x <- rnorm(n)

 > y <- rnorm(n)

 

 > cor(x,y)

 [1] -0.4132864

 

 > cor.test(x,y)

       Pearson's product-moment correlation

 data:  x and y

 t = -1.2837, df = 8, p-value = 0.2352

 alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0

 95 percent confidence interval:

  -0.8275666  0.2924366

 sample estimates:

        cor

 -0.4132864

 

 上面给出了相关系数的可信度区间和P-value

 

 2 spearman相关系数和

  kendall相关系数

 

 同上，只要把method改成spearman和

第一个：http://genome.jgi-psf.org/

 

第二个：http://mbgd.nibb.ac.jp/ 

MBGD is a database for comparative analysis of completely sequenced microbial genomes, the number of which is now growing rapidly. The aim of MBGD is to facilitate comparative genomics from various points of view such as ortholog identification, paralog clustering, motif analysis and gene order comparison.

最近研究6个疾病基因，需要在NCBI下载基因序列及其上下游1000bp序列，经朋友推荐，方法如下：

以基因BRAF为例

第一步：在NCBI的gene中输入BRAF（human）如下：

 

链接：http://www.medsci.cn/sci/journal_class.asp?classname=�񾭿�ѧ

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一个DNA翻译成蛋白质,直接粘贴DNA序列
http://www.expasy.org/tools/dna.html

多个DNA翻译成蛋白质，上传一个FASTA格式文件即可：
http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/transeq/index.html

问题1：
本人有一个文件，内容如下：
rs3094315 1 742429 0.3015
rs12562034 1 758311 0.7966
rs12124819 1 766409 0.2822
rs4475691 1 836671 0.0364
rs28705211 1 890368 0.0820
rs13303118 1 908247 0.8978
rs9777703 1 918699 0.0132
rs3121567 1 933331 0.1803
rs3934834 1 995669 0.2985
rs9442372 1 1008567 0.0649
rs3737728 1 1011278 0.6199
rs6687776 1 1020428 0.1092
rs9651273 1 1021403 1.7824
rs4970405 1 1038818 0.5863
命名为ex.txt,第四列是卡方值，我想把第四列转化为p值，用R写了以下程序：
> data<-read.table('ex.txt')
> for (i in 1:14) { result[i, 1] <- (1-pchisq(data[i, 4], 1))}; write.table (result, '1.txt')
但是老是提示：

错误于result[i, 1] <- (1 - pchisq(data[i, 4], 1)) : 找不到对象'result'
请高手赐教，

安装maq时出现以下问题：
[root@localhost maq-0.7.1]# make
make  all-am
make[1]: Entering directory `/data/safe/soft/maq-0.7.1'
gcc -DHAVE_CONFIG_H -I.     -Wall -m64 -D_FASTMAP -DMAQ_LONGREADS -g -O2 -c bfa.c
bfa.c:1:18: 错误：zlib.h：没有那个文件或目录
make[1]: *** [bfa.o] 错误 1
make[1]: Leaving directory `/data/safe/soft/maq-0.7.1'
make: *** [all] 错误 2

解决方法：
在网上查询了一下：主要问题是zlib-devel-1.1.4-8.i386.rpm没装，安装zlib-devel即可
[root@localhost maq-0.7.1]# yum install zlib-devel
Loaded plugins: fastestmirror, priorities
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * addons: mirrors.163.com
 * base: mirrors.163.com
 * extras: mirrors.163.com
 * updates: mirrors.163.com
Setting up Install Process
Resolving Dependencies
--> Running transaction check
---> Package zlib-devel.i386 0:1.2.3-3 set

Linux查看文件夹大小

du -sh 查看当前文件夹大小

du -sh * | sort -n 统计当前文件夹(目录)大小，并按文件大小排序

附送:

du -sk filename 查看指定文件大小

 

Linux:ls以K、M、G为单位查看文件大小

Linux:ls以K、M、G为单位查看文件大小。
#man ls
……
-h, --human-readable
print sizes in human readable format (e.g., 1K 234M 2G)
……
# ls
cuss.war nohup.out
# ls -l
total 30372
-rw-r--r-- 1 root root 31051909 May 24 10:07 cuss.war
-rw------- 1 root root 0 Mar 20 13:52 nohup.out
# ls -lh
total 30M
-rw-r--r-- 1 root root 30M May 24 10:07 cuss.war
-rw------- 1 root root 0 Mar 20 13:52 nohup.out
# ll -h
total 30M