前情提要：
　　某一天，人类少年工藤大器无意中听到一只高吼兽垂死的声音，因此和同伴阳本明里以及剑善次郎被卷入数码世界，与梦想成为数码世界之王的高吼兽成为了搭档，组建了军团Xros Heart，开始了漫长的征战之旅。此时的数码世界群雄割据，陷入了战国时代，实力最强大的巴古拉兽的大军四处侵略。随着和巴古拉军的战斗，大器结识了另外两位指挥官，Blue Flare的苍沼切羽和Twilight的天野音音，苍沼切羽一心想要大器成为自己的部下，天野音音则似乎在观察者什么。
　　终于，大器陷入了天野音音的圈套，音音因为妹妹琴音受到暗黑骑士兽的挟制，为暗黑骑士兽收集三位指挥官的合体密码（即让数码兽合体的能力），暗黑骑士兽准备利用阴影兽将大器、音音、琴音三人的合体密码集中到一个暴龙机上，制成可以强制将其他数码宝贝吸入自己体内的暗黑暴龙机，然后剥夺琴音的意志，让她成为完全受自己支配的合体工具。切羽、善次郎、明理等人率部攻打暗黑骑士兽的城堡，却被暗黑骑士兽阻止。关键时刻，音音让阴影兽和自己强制合体，中断了暗黑骑士兽的计划，暗黑暴龙机的力量变得不完全而危险，