1. 在Microsoft word中使用mendeley来管理文件插入
配置方法很简单，（1）打开mendeley，在Tools菜单下面选择Install MS Word
Plugin；（2）打开Word，就可看到mendeley工具栏；
插入文献：（3）点击“Insert or Edit Citation”插入文献，再点击Insert
Bibliography就可以显示插入的文献；（4）当有两个或两个以上文献时，选择需要合并的index，再点击Merge
Citation
2. 在Libreoffice
Writer中使用mendeley来管理文件插入
配置：（1）打开Writer，在Tools下选择Extension
Manager，再点Add，选择加载
本节主要涉及到如何在ggplot2中设置或修改标题(Titles)
问题:
在ggplot2中设置或修改标题
解决方案:
画一个没有标题的图, R代码如下:
#加载ggplot2包
stopifnot(require(ggplot2))
#
画一个boxplot并设置填充颜色为grey
bp = ggplot(PlantGrowth, aes(x=group, y=weight)) +
geom_boxplot(fill='grey')
# 打开画图结果(或bp)
print(bp)
1. 通过pysam包的pileup(...)方法来提取某个指定位置的pileup信息
# 导入pysam包，找不到pysam就退出
import sys
try:
import pysam
except Exception as e:
print >> sys.stderr, str(e)
sys.exit(-1)
hg='/human_hg19_Lilly/human_hg19_Lilly.fasta' #
已经通过BWA建立好index的人类基因组参考序列
samfile =
pysam.Samfile('H318-T_80X/H318-T_80X-calibrated.bam', 'rb'）#
打开bam文件，须建好index
fastafile = pysam.Fastafile(hg) #
创建Fastafile对象，方便随机检索基因组上某个位置的序列
cov = 0 # 覆盖度初始值
chr = 'chr1' # 染色体
pos = 631656 # 1-based
refbase = fastafile.fetch(chr, pos-1, pos) # 0-based
index，pysam的index是从0开始，可以使用samtools region的表示方式，即regio
加载中…
转载▼