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nbo

qm

分类: Gaussian
1. 前言
用了bndidx关键词后,NBO程序会进行键级分析,输出三种键级矩阵,包括:
1 Wiberg bond index matrix in the NAO basis
分类: Gaussian

仅做参考

非双杂化泛函的最佳选择:
计算碳团簇用B3LYP
计算硼团簇用TPSSh
计算双核金属用PBE、BP86,勿用杂化(see JCTC,8,908)
计算NMR用KT2,M06-L, VSXC, OPBE, PBE0
计算普通价层垂直激发用PBE0(误差约在0.25eV),M06-2X也凑合
计算电荷转移、里德堡垂直激发,以及各种绝热激发能用wB97XD、CAM-B3LYP、M06-2X
计算极化率、超极化率追求稳妥用PBE0,追求精度用CAM-B3LYP、HCTC(AC)
计算双光子吸收截面用CAM-B3LYP
计算ECD用B3LYP、PBE0
计算HOMO/LUMO gap用HSE、B3PW91(整体来说这个好,HSE的杂化参数有点依赖于体系)
计算热力学数据(含势垒)用M06-2X(加上DFT-D3(BJ)校正更好)
计算多参考态特征强的体系用M11-L
计算卤键:M06-2X  (及SCS(MI)MP2。最好用ECP。基组最好3 zeta+弥散,若不加弥散则CP必须考虑)
计算弱相互作用用wB97XD、M06-2X(加上DFT-D3(BJ)校正更好)。
很大体系弱相互作用用PBE-D2/TZVP+Counterpoise且包含DFT-D三体色散校正项
其它情况或模棱两可的时候用B3LYP(加上DFT-D3(BJ)校正更好)。允许更大计算量追求更可靠

分类: Gaussian
密度泛函的发展与应用

Developments and applications of DFT
1.
引言
      
密度泛函理论是当前理论化学和固体物理计算的重要工具。理论化学界引用率最高的文章是Becke

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杂谈

分类: 其它
自然科学基金批准号各个数字的含义

自然科学基金批准号共8位,那么这8位数字的排列有什么含义呢?下面具体说明如下:

第一位:代表所属学部。根据申请代码的首字母获得,这个数字就是编号首字母在26个字母中的排序,比如申请代码属于A.数理科学部的基金项目,那么批准号 第一个数字就是1;B.化学科学部的第一个数字就是2;C生命科学部就是3;D地球科学部就是4;E工材部就是5;F.信息科学部就是6;以次类推。

第二三位:代表项目批准年度。比如13年获批的,就是13.

第四位:代表项目类型。0是青年项目,2是杰青/优青(2代表专项基金),3是重点项目,6是地区基金,7是面上项目,9是重大专项。

第五位:代表所属的处。比如申请学科代码是A04***,那么这一位就是4;如果申请代码是F01***,那么这一位就是1.但是对于专项基金,第五位仍然是项目类型,比如杰青是5,优青是2,重大是0。

第六到八位:代表各个小方向的项目序号。同一个小方向的项目序号按照依托单位字母排序,一个个排下去。
分类: 作业调度

PBS(Portable Batch System)最初由NASA的Ames研究中心开发,主要为了提供一个能满足异构计算网络需要的软件包,用于灵活的批处理,特别是满足高性能计算的需 要,如集群系统、超级计算机和大规模并行系统。PBS的主要特点有:代码开放,免费获取;支持批处理、交互式作业和串行、多种并行作业,如MPI、 PVM、HPF、MPL;PBS是功能最为齐全, 历史最悠久, 支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS, PBS Pro和Torque三个主要分支. 其中OpenPBS是最早的PBS系统, 目前已经没有太多后续开发,PBS pro是PBS的商业版本, 功能最为丰富. Torque是Clustering公司接过了OpenPBS, 并给与后续支持的一个开源版本.

PBS的应用不同于一般的直接运行:mpirun –np number ./executable_file

直接运行上句,则只能在单个节点上进行并行计算。如果要在多个节点上并行执行则要写machinefile或p4pgfile,两种文件的具体写法参考张林波等《并行计算导论》。运行命令分别为:

       mpirun–machinefile filename

       mpirun&

  

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