1.江宁汤山史前遗址区，保护范围面积约0.8公顷。

　　2.高淳薛城史前遗址区，保护范围面积约4.69公顷，保护范围南到农具厂南围墙，东到水塘，北、西到稻田。

　　3.清凉山石头城遗址区，时代：三国，保护范围面积约183.13公顷，保护范围：东至西康路、虎踞路一线，南至龙蟠里，西至秦淮河，北至北京西路。

　　4.六朝宫城及御道遗址区，时代：六朝，保护范围面积约608公顷，保护范围：北至北京东路，东至龙蟠中路、秦淮河一线，西至丹凤街、估衣廊、明瓦廊一线，南至白下路。

　　六朝宫城及御道遗址区——西州城、东府城 时代：六朝。

　　西州城的保护范围面积约29.28公顷；保护范围：北至秣陵路，东至丰富路，南至秦淮河，西至王府大街。

　　东府城保护范围面积约17.85公顷，北至尚书里，东至解放路，南至护城河北岸，西至解放路西侧400米。

　　5.南唐宫城及御道遗址区 时代：南唐，保护范围面积约145.4公顷，北至淮海路，南至升州路、建康路一线，西至明瓦廊、评事街，东至太平南路。

　　6.明代宫城及御道遗址区，时代：明代，保护范围面积约502.63公顷。东至明城墙、护城河，南至瑞金路、后标营，