当使用GATK做snp calling的时候，最后所生成的文件格式是vcf格式的，但是当我们想进一步对这些snp进行分析的时候，往往需要先把他们转换成genotype格式，比如使用ihs和xp-ehh对选择信号进行检测、ld分析等。但是gatk好像没有提供转换的工具，其他工具好像可以做到，但是我没有用过。所以每次遇到这样的问题，都是自己写脚本，方便又快捷，关键是有源代码，知道是怎么工作的。代码贴在后面了，复制粘贴可以直接使用。

vcf文件格式就不说了

genotype文件格式：

染色体   物理位置   genotype1 genotype2 genotype3 genotype4

#!usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use File::Basename;
use Getopt::Long;
#this perl script was used for convert the vcf file to genotype file.
my($help,$raw_snp,$genotype,�gen,$numbe);

�gen=('-' => '-', 

第二大步：变异检测

1. Variant Calling

9.Local realignment around indels

这一步的目的就是将比对到indel