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建模

杂谈

分类: Material_Studio

[转]Material Studio进行晶体建模的基本步骤

http://hi.baidu.com/huangry2006/item/1ee24a0831e853dc72e67608 

第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞
1. 打开MS,由file>import>structures>metals\>pure-metals>Fe导入Fe的晶胞。

2. 由build>Surfaces>cleave Surfaces打开对话框.

在对话框中输入要建立的晶面(hkl),选择position,其中depth控制晶面层数。

3. 进入build>Supercell,输入A 、B 、C的值,得到想要的超晶胞。

4. 到该步骤,我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算,则应选择build>Crystals>build vaccum slab,其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodic Structure,去掉模型的周期性,并跟据自己的实际需要删除部分原子,得到想要的团簇模型。

5. 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。

标签:

杂谈

分类: lammps

[热导率计算的in文件 (分子模拟论坛)


1.用

标签:

杂谈

分类: Fortran

Fortran 程序编译时错误 Error: Non-numeric character in statement label at (1) .

 

http://blog.csdn.net/zhuliting/article/details/6323030

 

 

 

  1. mpif90 -c  -Wall -Wno-unused-variable -g   -I/opt/petsc-3.1-p7/include -I/opt/petsc-3.1-p7/include -I/usr/local/include   -I/opt/petsc-3.1-p7/include -I/usr/local/include    -o Demo1.o Demo1.F  
  2.  In file Demo
标签:

杂谈

分类: study

 

近邻列表:近邻列表(neighbor list,也叫做Verlet list)是分子动力学模拟中为了加速体系粒子间相互作用的力的计算而设置的一种数据结构。在分子动力学模拟中,粒子间相互作用力的计算最耗时间,而其中非键合作用力的计算又占主要部分。因此,如何有效地提高计算非键合作用力的效率成为提高分子动力学计算效率的关键因素。前面关于截断半径的介绍就是一种方法。虽然截断半径的设置可以大大减少需要计算相互作用力的原子对数目,但是在模拟中的每次迭代都要对全部粒子进行搜索,以判断每个粒子截断半径范围内的其它粒子。近邻列表的根本思想是在限定的局部空间而非整个模拟盒子范围内搜索可能产生相互作用的粒子对。在近邻列表法中,将与粒子i距离在Rm内的粒子都存储在该列表中,在模拟中作用力的计算仍考虑截断半径Rcut的范围。在一段模拟时间内,如果Rm范围外的粒子都不会进去Rcut的范围,则不需要更新近邻列表。Rm-Rcut的范围即是一个缓冲区域,即图2.2中的skin region。在计算与粒子i之间的作用力时,该区域内的粒子实际上并不被考虑。简单说,这是一种用计算机内存空间换取CPU计算时间的方法。

  

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