第一步：格式转换

vcftols --vcf sample.vcf --plink --out sample

plink  --file sample --chr-set 20 --noweb --make-bed --out  sample

第二步：Q矩阵和画图

for i in 2 3 4 5 6 7 8 ;do python  structure.py -K $i --input sample --output  sample  --full --seed=100;done

（1）For i in 2 3 4 5 6 7 8;python distruct.py -K $i --input=sample  --title='' --output=$i.structure.svg;done

（2）http://omicsspeaks.com/strplot2/网页版，但是输入必须是csv格式

Gene-Based Association (GBA) analysis是基于全基因组关联分析的一种目前GWAS可以分为基于突变（SNP，CNV，SV），基因和通路三种。其中基于突变的主要是单核苷酸多态（SNP），目前，可以使用的软件比较多，比如TASSEL，GAPIT，PLINK等。从近几年发的文章来看，和人相关的GWAS分析一般都是使用PLINK，而动植物的除了TASSEL，GAPIT外，还有EMMAX，GEMMA，FastLMM等。支持gene-based关联分析研究的工具相对来说偏少，本人翻了google后发现有两个软件比较适用，分别是GCTA和VEGAS2，具体使用方法如下：

1、GCTA

参考资料：https://gcta.freeforums.net/board/2/gcta-user-manual

下载地址：https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Download

第一步：数据格式转换

plink --allow-extra-chr --vcf test.vcf --make-bed --out test

plink --file test --make-bed  --out test --recode --allow-extra-chr

第二步：fastBAT

gcta64 --bfile test --maf 0.05 --fastBAT assoc.txt --fastBAT-gene-list gene_list.txt --out test --thread-num 10

其中：

（1）assoc.txt：

1: