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小结：OrthoMCL使用详解.（附下载地址）

(2012-05-10 21:15)

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orthomcl

download

mcl

protein

family

更新：由于问问题的人较多，也没太多时间去一一回复，如果有需求的同学或者老师，本人可有偿代为完成相关分析，Email：bioinforservice@gmail.com，望理解。

一直都想总结一下，以前自己做过、用过的一些东西，仔细一想，又不知该从何总结起，就捡最近的说起吧，先介绍下Orthomcl.

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1.Orthomcl是用来干嘛的？

我们都知道，我们在注释完一些基因组后，会拿到大量的蛋白，而这些蛋白，孤零零的放在那，你不觉得别扭吗？除了常规的pfam、interpro做完了，再做点什么呢？聚个类，找个家族，看看家族水平上的进化什么的貌似也蛮不错，今天就介绍一下如何利用orthomcl来做蛋白家族吧。

OrthoMCL groups proteins into “ortholog groups.” That name is a little misleading
because the groups contain proteins related by:
orthology (recent descent)
in-paralogy (rece

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Clustal的使用总结（Clustalx+Clustalw）（原理、操作，下载地址，…

(2011-08-31 14:34)

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clustal

clustalx

clustalw

使用说明

下载地址

操作

杂谈

今天由于检验Assemble的需要。。突然间要对几个序列进行多序列比对，一下子有些忘了该怎么做，就模模糊糊的知道Clustalw以前用过，细节什么的都没印象了。。Google了一下，仔细重新温习了下以前的内容，什么都明白了。。。
顺便整理下做个小总结，一方面给自己留个存根，免得下次遇到再到处搜，另一方面也希望对你有所帮助~
1.先提供下载地址：
官方下载地址：http://www.clustal.org/download/current/
Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...
http://s16/middle/5d1edf6a07794021a77df&690
2.原理：序列同源性分析：

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R 超几何分布

(2011-05-19 11:09)

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超几何分布

杂谈

超几何分布在生物学中有重要应用，常被用来做各种富集分析，同时它和Fisher精确检验有着千丝万缕的联系，掌握超几何分布是编写Fisher精确检验的基础。
想做超几何分布的同学，希望对你有用。。
在R语言中dhyper四个参数的含义分别如下：
x: the number of white balls drawn without replacement from an urn which contains both black and white balls.
m: the number of white balls in the urn
n: the number of black balls in the urn
k: number of balls drawn from the urn

在scipy中stats.hypergeom.pmf (cdf, sf)等大多数均可接受4个参数，但是与dhyper的四个参数不一样，了解它们的差异才能让我们更好地去掌握和应用。

有以下2乘2列联表
=========
a=2 b=23
c=5 d=30
=========
(注：该例子来自【美】伯纳德.罗斯纳著孙尚拱译《生物统计学基础》第五版) P355.
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华大基因soap软件的使用方法

(2011-05-12 14:18)

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