中世千载重拾古希腊哲学精华，由士林哲学发扬光大，其中以多玛斯阿奎纳贡献最大。多玛斯把亚里士多德学说加以修正，并衔接上基督宗教神学与哲学。亚氏的自然哲学包括物理学、天文学、运动学等问题，以及对于物质形成和宇宙结构的探究，都不可避免地涉及宗教教义，遂有必要重新打造一套神学的自然哲学。多玛斯采用其著名「五路论证」之部分来解决神学与哲学的冲突，方式则为模拟法。士林哲学认为在信仰指导下研究自然，有助于消除各种谬误。由于天主所创造的作品彰显出祂的智能和力量，因此通过自然哲学研究受造物，将会强化人类对天主的爱。一旦深入认识受造物，天主在人们的心目中将更臻于美善。

    不过哲学毕竟不同于神学具有权威性，跟多玛斯同一时期的罗哲培根，就提出许多不一样的见解。罗哲指出拉丁文《圣经》和亚里士多德著作有不少错误，神学家既不懂自然哲学又固执于传统，他认为研究自然哲学唯一方法只有观察与实验。当时多玛斯将哲学置于神学之下为之服务，但是此一努力或有不如人意之处且可能有误，后世遂尝试将二者分离，最著名就是奥坎的威廉所提出「奥坎剃刀」。他反对为「殊相」的个别事物之认识去添增「共相」的普遍概念，代表「唯名论」思想以反对「实在论」。唯名论影响天主教会五百年，直到十九世纪教廷才以谕令规定多玛斯的士林哲学为官方思想，神学跟哲学的互动再度被肯定。