比较常见的纯化原核表达蛋白的方法有利用聚组氨酸标签和GST标签对重组蛋白进行纯化，这就需要在构建原核表达载体时在蛋白在氮端或碳端加上标签。现在一般用于原核表达的载体都会有这些标签序列，选择合适的酶切位点即可构建带有纯化标签的重组蛋白。一般来说仅有几个到几十个氨基酸大小的标签序列对蛋白是没有影响的，也可在纯化后选择合适的蛋白酶把标签序列切去。

下面以聚组氨酸标签为例说说怎样纯化含有标签序列的重组蛋白。聚组氨酸标签一般由六个组氨酸构成，其纯化原理是组氨酸能够与镍离子紧密结合，从而挂到柱子上，其它蛋白因为只含有少量组氨酸，所以与镍离子的结合力较小，会直接流出来，稍微用平衡液清洗一下后，留在柱子里的几乎只有含有六个组氨酸标签的重组蛋白。再用高浓度的咪唑进行洗脱，高浓度的咪唑会取代聚组氨酸标签与纯化柱中的镍离子结合，使重组蛋白被洗脱下来。纯化过程中使用的试剂都是由缓冲液和咪唑组成，如果是纯化包涵体蛋白，试剂中都需要增加高浓度的尿素来溶解包涵体蛋白。现在利用聚组氨酸标签和GST标签纯化重组蛋白都有商业化的产品，比如预装柱，使用起来方便快捷，即便用镍珠自己纯化也很方便。不过无论用哪种方法，特别伤不起的都是要配一堆试剂，用于配试剂的时间估计都比纯化的时间长。利用镍珠纯化重组蛋白时需要注意的是，虽然镍珠可以重复使用，但是用久了，镍珠中的镍离子会流失，就无法很好地纯化蛋白了。所以在镍珠不在是浅蓝色时，需要用硫酸镍溶液重生镍珠中的镍离子。预装柱也是如此，即便看不到颜色的变化，无法判断是否需要重生镍离子，但使用一段时间后也需要用硫酸镍重生预装填料中的镍离子，否则会影响使用效果。

如果是使用预装柱纯化带聚组氨酸标签的蛋白，按使用说明书上的步骤进行操作即可，需要特别提醒的是，对于蛋白浓度较低的上清或者沉淀裂解液，纯化的同时其实也在起浓缩的作用。所以，最后的洗脱液最好不要一次加进去，而是分成几份加，并分别收集，后面几份可能几乎都不含蛋白了，这样可以获得较高浓度的纯化蛋白。