上篇大概介绍了两种常用的破碎大肠杆菌的原理和方法，两种方法各有优劣，相对来说都算简单方法，且效果较好。

个人感觉反复冻融法破碎得更为彻底，尤其是对高浓度的重悬菌体，具有非常好的破碎效果。不过该方法的破碎时间随着体积的增大而延长，所以最好将待破碎的菌体分装成小管，这样离心前或者离心后还需要将分装的菌体收集到一起，也是件费时费事的事。除此之外，处理量的大小完全不影响工作量。该方法最大的优点是不会出现碳化，且可以通过分装成小管缩短处理时间，并能在较低的温度下进行操作，控制处理的温度。虽然降低溶解温度意味着溶解时间的增长，但对于温度有较高要求的蛋白，还是不错的选择。需要注意的是用液氮速冻的菌液的管盖很容易在溶解过程中因温度骤升而飞出，一定要放在有盖的设备中溶解，以免弹出的试管盖伤人。

超声破碎最大的缺点是处理的菌体浓度较低，稍高的浓度就会难以破碎完全，或者被碳化，在处理过程中需要不断检查是否破碎彻底，并保持处于冰水混合物中。反复冻融三到六次后都会破碎得较彻底，完全不需要冻融一次看一次。另外，超声破碎需要保持柱头位于试管正中，不能与管壁发生碰撞，正常破碎的声音都几乎让我无法忍受了，因碰撞产生的更加刺耳的声音更是让人忍无可忍。所以，个人一直比较青睐用反复冻融法破碎大肠杆菌，至少不用被噪音污染困扰。

充分破碎后会再次在4℃进行离心，将上清和沉淀分开。上清中为可溶蛋白，沉淀中不仅有细菌碎片、还有不溶的蛋白，尤其是错误折叠的包涵体蛋白。为了使包涵体充分沉淀，会在较高转速下进行离心，一般推荐至少20000g。离心后收集上清，将沉淀用缓冲液清洗过后再次重悬。用来进行纯化的沉淀还需要再次用裂解液裂解，如高浓度的尿素或盐酸胍，并在震荡裂解，最好在低温下进行裂解。充分裂解后再次离心，收集上清，其中即有包涵体蛋白。包涵体蛋白在纯化前必须要经过上述裂解的步骤，否则会堵塞用于纯化的填料。

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