加载中…【文件格式转换脚本】txt转换成bed格式脚本
(2014-09-15 16:42:16) #1.批量将文件夹SupplementaryDataset1内所有AllInfo_LncRNAs_MainDataset_NonStrandSpecific_*开头的txt文件转换为bed格式:
ls
SupplementaryDataset1/AllInfo_LncRNAs_MainDataset_NonStrandSpecific_*.txt
| while read file
> do
> awk -F "\t" '{
if($5==1){$5="+"}else{$5="-";}
print "chr"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$1"\t"0"\t"$5}'
$file >$file.bed
> done
#2.若仅需将单个或数个txt文件转换为bed，仅用以下脚本即可:
awk -F "\t" '{
if($5==1){$5="+"}else{$5="-";}
print "chr"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$1"\t"0"\t"$5}'
$file >$file.bed
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