牛顿从小生活在一个宗教氛围十分浓厚的家庭，他的舅舅和继父都是牧师，他母亲也是一个虔诚的基督徒。长大从事科学研究后，他对宗教的热情一直不减。这时候他注意的不再是单纯的信仰，而是更深刻的神学问题。大约在1690年的时候他把一份手稿送给了洛克，试图证明，现在《圣经》中关于三位一体的那段是后人篡改的，不是《圣经》中的原文。两年后，一位叫理查德  本特雷的牧师，给牛顿写了一封信，请教关于万有引力和宇宙性质的一些问题。牛顿给他写了四封回信，表达了作为科学巨人的他对于上帝的虔诚信仰。他说：

      “ 当我写作关于宇宙系统的著作时，就曾经特别注意到足以使深思熟虑的人们相信上帝的那些原理。当我发现我的著作对这个目的有用时，没有什么事情能比这更让我高兴的了。”

       当谈到地球绕太阳运转的轨道时，牛顿坦言，地球的确绕太阳在运行，但为什么会有这种运行呢？这就像两块石头本来好好的呆在那里，为什么他们要相撞呢？肯定有原因，例如被人们扔到了一起。地球与太阳也是这样，虽然他们现在按自己的轨道运行，然而，最初是一种什么力量使他们运转起来的呢？对于这个问题，牛顿找到了答案，那就是他著名的第一推动说。

      关于第一推动这个概念，他从科学的观念出发，指出了上帝与第一推动的必要性。在给牧师的回信中，牛顿如此说：

      “对于你来信的最后部分，我的回答是：第一，如果把地球放在无论何处，只要其中心处在轨道上，并且首先让它停留在那里不受任何重力或推力的作用，然后，立即施以一个指向太阳的重力，和一个大小适当并使之沿轨道切线方向运动的横向推动，那么按照我的见解，这个引力和推动的组合将使地球绕太阳作圆周运动。但那个横向推动必须大小适当，因为如果太大或太小，就会使地球沿别的路线运动。第二，没有神力之助，我还不知道自然界中还有什么力量竟能促成这种横向运动..........”

        这里就分明地表示了神就是那神秘的第一推动者。到晚年，牛顿对神学研究得更多，也更为重视上帝的力量，例如1712年，当《原理》出第二版时，快七十岁了的牛顿在书中加了一节《总释》，它只有短短的几页，其中“上帝”或者其代名词“他”就有近四十处之多。他对上帝表达了如狂热的基督徒一般的赞美，他说：

       “我们只是通过上帝对万物的最聪明最巧妙的安排，以及最终的原因，才对上帝有所认识。我们因为他至尊至美而感佩，也因为他统治万物，我们是他的仆人而敬畏他.  崇拜他.........”

         据统计，牛顿一生留下来的有关宗教与神学的手稿达一百五十多万字，足以编成若干卷神学专著呢！事实上也被编成了不少著作，例如《圣经里两大错误的历史考证》.《但以理先知的预言与圣约翰的启示录之评论》，他们分别在牛顿的生前与死后出版。

         牛顿死后，人们在他的碑文上写道：...............对于自然  历史和《圣经》，他是一个勤勉  敏锐而忠实的诠释者。他以自己的哲学证明了上帝的庄严，并在他的举止中表现了福音的纯朴。