永久基本农田主要用来种植粮食作物，特别是保障稻谷、小麦、玉米三大谷物的种植面积。如果现在种植的是棉、油、糖、蔬菜等非粮食作物的，可以维持不变。种植粮食作物的，要求每年至少种植一季粮食作物，可采取粮食与非粮食作物间作、轮作、套种的土地利用方式。

一般耕地主要用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品及饲草饲料生产；在不破坏耕地耕作层且不造成耕地地类改变的前提下,可以适度种植其他农作物。

如果已经种了其他东西呢？

今年两会上，农业农村部部长唐仁健在回答记者提问时说：这些年来不可否认，有好些地方耕地搞了林地、园地、草地，还有一些种了其他经济作物，按要求永久基本农田和高标准农田要逐步回归到种粮食，各地在把控这个问题的时候，不能搞一刀切，简单粗暴把之前农民种的其他东西砍了，要合理合情、实事求是，制定一个逐步回归的时间表，把握好进程。

因此，如果已经种了果树、药材等，也不需要急于清除，一般来说不会被清除或者罚款。

但如果做其他用途则是违法的。

比如《土地管理法实施条例》第五十一条：违反《土地管理法》第三十七条的规定，非法占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款；破坏种植条件的，依照《土地管理法》第七十五条的规定处罚。

【四个严禁】

严禁占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼；

严禁占用永久基本农田种植苗木、草皮等用于绿化装饰以及其他破坏耕作层的植物；

是严禁占用永久基本农田挖湖造景、建设绿化带；

严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施和破坏耕作层的种植业设施。

【五个不得】

不得在一般耕地上挖湖造景、种植草皮；

不得在国家批准的生态退耕规划和计划外擅自扩大退耕还林还草还湿还湖规模；

不得违规超标准在铁路、公路等用地红线外，以及河渠两侧、水库周边占用一般耕地种树建设绿化带；

未经批准不得占用一般耕地实施国土绿化；

未经批准工商企业等社会资本不得将通过流转获得土地经营权的一般耕地转为林地、园地等其他农用地。

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【律师建议】

在耕地上已经种植的作物并不能采取“一刀切”式的处理方式，国家既要保障粮食安全也要考虑老百姓的利益，已经种植的树木、花卉、药材等依据可以按照规定种植，而如果是进行养殖则需要注意，是否需要拆除，依何标准拆除则需要根据养殖场的情况以及具体的政策法规具体问题具体分析，遇到不合理的清除要及时的找到问题，并通过相应的司法手段进行维权。