be good at和do well in在意思上较为相近，都有“擅长···，在某方面出色”等意思，但两者也有一定的区别。

区别之一在意义。be good at意思为“擅长（做）某事，在（某方面）出色”，但它强调一种笼统的情况，而不表示一次或一种情况。

e.g. He is good at maths. 他数学学得很好。

这个句子说明的就是一种整体情况，指他数学总体来说学得好，而并不指单独的一次考试和测试。

而do well in既可表示整体情况，也可表示具体的某一次情况。

e.g. He does well in maths. 他数学学得很好。（表示整体、笼统情况）

从这个意义上来讲，do well in和be good at意思相同，为同义词，可以互换。

但：He did well in that maths test. 他在那次数学考试中考得不错。

这是指在那次考试中考得不错，是具体的一次考试，在这个意义上，do well in与be good at意义上有差别，不能替换。

区别之二在用法上。在用法上，be good at后可接名词，也可接动名词，即：

  be good at sth.擅长于某事

  be good at doing sth. 擅长于做某事

e.g. He is good at English. 他英语学得很好。

  He is good at playing basketball.他篮球打得不错/他擅长打篮球。

但do well in后面只能跟名词，也就是do well in sth.。

e.g. He does well in science.

综上所述，be good at和do well in不论在意思还是用法上都有一些区别，在使用的时候要根据不同情况加以选择。