朱棣在攻下南京后，篡得大明皇位。迫令方孝儒为他起草即位诏书。方孝儒反对朱棣篡权，宁死不从，掷笔于地说：“死即死耳，诏书不草！”燕王大声说：“诏不草，灭汝九族！”方孝儒针锋相对的说：“莫说九族，十族何妨！”朱棣又反复劝说方孝儒：“不要自找苦吃，我欲效法周公辅佐成王。”方孝孺依然还是不屈服，他说“好，我写！”他从地上拾起笔来，大书四字“燕贼篡位”。
　　朱棣大怒，他命人拿刀来从方孝孺的嘴角直割到耳旁，并将他投入监狱。见方孝孺仍不屈服，朱棣就下令把方孝孺在午门内凌迟处死。
　　方孝孺的妻子郑氏和两个儿子方中宪、方中愈上吊死了，两个女儿投秦淮河而死。家人之后，他的亲戚朋友也都遭了殃。每抓到一个，都带到方孝孺的面前，让他看看，再行千刀万剐，一共杀了七天，八百七十三人。方孝孺镇定自若，不为所动，还忙里偷闲，做了一首绝命诗，古色古香——“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，孰不我尤！”平心而论，诗做得很一般。当弟弟方孝友被捆到他的面前时，他罕见地留下了眼泪。方孝友也做了一首七绝告别哥哥：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧回家山。”看来这弟兄俩还真是一样的驴脾气。八百多人杀完了，轮到方孝孺了，他被五马分尸处死后拆散骨骸弃之。他的学生也是高干子弟，德庆侯、廖永忠的两个孙子廖镛、廖铭，偷偷捡拾他的骨骸葬于聚宝门外山上，随后这两个仗义的学生随即被杀。方孝孺是中国历史上第一个、也是唯一被诛十族的人！