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lncRNA 引物设计的难点

(2016-07-21 08:52:49)
标签:

杂谈


http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/Z0TTDjugU4T6HE7VKt7YQdWm3PsBqbnrQ4icg1yJ9o6HEOzPY4ichudVnGABsmGrQo7BBLRFb2GafJW46OOO7Oyw/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5引物设计的难点" />

LncRNA 引物到底和mRNA 引物设计有什么不同?


序列提供的数据库更多样;

mRNA 序列通常在ncbi的库里就可以找得到,而lncRNA数据库,就比较多了;

建议客户提供二代测序的测序结果或者基因芯片筛选后的探针序列,方便进行引物设计;

序列更复杂,需要更加明确的基因比对;部分序列由于和mRNA 某转录本序列太接近,而不能设计相应的QPCR 引物;

根据序列比对情况,可以明确,是否可能设计特异的lncRNA, 或者设计的引物同时会检测其他基因;

实验可能会更复杂,部分lncRNA 可能不含polyA 尾,所以在常规的CDNA 中不含;需要以RNA 为模板,直接进行特异性逆转录和检测;

在样本中可能含量很低,需要更灵敏的检测方法;








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