如何使用文献的引物才更可靠？

如何利用ncbi数据库进行引物的blast？

引物从文献中得到后，或者由公司提供得到后，比较稳妥的方式是在ncbi网站上对上游和下游引物分别进行Blast分析。

具体方法是：

google 搜索blast，点击，进入ncbi的blast 网站：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

选择nucletide blast，点击进入：

也可直接点击：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

在框里复制上游引物，和下游引物；中间用分行符隔开；

database 处如果是mRNA， 选择 reference RNA sequence（refseq-rna）；如果是其他序列，分别选择；如果不确定是什么，选择nucletide collection（这是最大的一个库）；

点击下方的blast按钮；

会跳出如下界面：

判断原则：

一般来说，多少都会找到一些其他基因的同源序列，此时，可以对上游引物和下游引物的blast结果进行对比分析，只要没有交叉的其他基因的同源序列就可以。